（1）申請
申報企業出具正式的申請報告，填寫“綠色食品標誌使用申請表”，內容包括申請單位全稱、地址，產品名稱、包裝方式，註冊商標、編號和產品特點簡介、原料生產環境簡介等內容，經市、縣（市）綠色食品管理部門簽署意見後，報送省綠色食品辦公室。
（2）初審
省級綠色食品辦公室安排2名（或2名以上）綠色食品專職管理人員赴企業現場考察、聽證，提出考察結論、整改意見，企業及時整改並報“整改意見的回復”。
（3）環境監測
省級綠色食品辦公室委托定點的環境監測機構，進行環境監測的布點、采樣、分析，並出具環境調查、監測和評價的報告。
（4）培訓
省級綠色食品辦公室派出專職人員，赴企業舉辦由企業管理人員、技術人員、生產骨幹、營銷人員等參加的綠色食品知識培訓班。
（5）材料申報
企業負責按規範要求，準備全套申報材料，經市、縣（市）主管部門預審後，報省級綠色食品辦公室，申報材料經省級綠色食品辦公室審核合格後，上報中國綠色食品發展中心壹審，壹審合格後，中國綠色食品發展中心發產品抽樣檢驗單至省綠色食品辦公室。
（6）終審
由省級綠色食品辦公室派專人赴企業或委托市、縣（市）主管部門隨機抽取樣品加封後，由企業送指定的綠色食品質量檢驗中心檢驗；綠色食品檢驗中心報送該企業的產品的檢驗報告至中國綠色食品發展中心終審。
（7）領證
終審合格後，由省級綠色食品辦公室通知企業法人代表或法人代表委托人，赴北京辦理領取綠色食品證書的有關事宜。