2、實質審查：根據法律審查商標是否具有可註冊性、是否與在先註冊的商標相同或近似、是否違背商標法的禁用條款。對於不通過實質審查的商標，審查官將書面通知申請人，並告知駁回理由。申請人在接到該駁回通知之日起限期內可提交復審，商標審查官可以有條件地接受某些商標註冊申請，並可以要求申請人放棄商標中某壹文字或圖形的用權。
3、公告：經審查，審查官認為商標申請可以被接受後，便會在菲律賓官方商標公告上刊登公告。自公告日期90天為異議期。
4、註冊核準：經異議被裁定可以註冊的商標，或經公告沒有異議的商標將獲準註冊並下發註冊證。