1）適用範圍的不同。商標是用於商品或服務上的標記，特殊標誌是指在經國務院批準舉辦的全國性和國際性的文化、體育、科學研究以及其他社會公益活動中所使用的，由文字、圖形組成的名稱及縮寫、會徽、吉祥物等標誌，它可以在與所有人公益活動相關的廣告、紀念品以及其他物品上使用該標誌，並許可他人在國務院工商行政管理部門核準使用該特殊標誌的商品或服務項目上使用。
（2）由不同的法律、法規調整。註冊商標由商標法保護，特殊標誌則由1996年7月發布的《特殊標誌管理條例》對其進行特殊保護。
特殊標誌是壹種特殊存在，是指經國務院批準舉辦的全國性和國際性的文化、體育、科學研究及其他社會公益活動所使用的，由文字、圖形組成的名稱及縮寫、會徽、吉祥物等標誌。特殊標誌的申請人應當是經國務院批準舉辦社會公益活動的組織者或籌辦者，登記過後，就會受到特殊標誌的保護啦。
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