1，性質的區別:
企業店是指經過支付寶商家認證，持有工商營業執照開業的店鋪。是以公司名義成立的淘寶店，也就是常說的“淘寶集市店”。旗艦店是憑國家商標局頒發的商標註冊證或商標受理通知書(不允許轉讓中的商標)在商場註冊的自有品牌，開的店叫“品牌旗艦店”。
2、主頁上logo的區別:
天貓和淘寶都可以開企業店。前臺展示上，有定制的店鋪封面，會展示企業店鋪的logo。旗艦店只在天貓有，logo直接是xxx旗艦店。淘寶不允許開旗艦店。
3、產品的區別:
旗艦店的經營範圍必須是同壹品牌下不同品類的所有產品，而企業店可以經營不同品牌下的多個品類的產品。
擴展數據:
開企業店的兩種方式:
第壹種方式:開新店。
1，用郵箱註冊淘寶賬號。
2.進行支付寶企業認證。
3.完成商場責任認證。
4.填寫工商註冊信息。
5.商店已成功創建
第二種方式:店鋪升級
店鋪升級是指在不影響經營的情況下，將店鋪的經營主體由個人變更為企業，同時保留店鋪的經營數據(如淘寶旺旺名稱、信用等級、交易數據等。).
商店升級步驟如下:
參考資料:
百度百科-旗艦店
淘寶。com-客戶服務中心-企業商店