商標代理機構要成為商標局商標網上申請系統用戶的，首先應申請商標數字證書，然後才能登錄網上申請系統，代理商標網上申請業務。原則上，壹家商標代理機構只能申辦壹個數字證書。非商標代理機構，可以直接登錄商標局商標網上申請系統提交商標申請，不必申請商標數字證書。
申請商標數字證書的，視為同意遵守《工商總局數字證書申請責任書》及其他有關規定，視為承認該商標數字證書電子簽名的法律效力。