商標局下設綜合處、申請受理處、審查壹處、審查二處、審查三處、審查四處、審查五處、審查六處、審查七處、審查八處、地理標誌審查處、國際註冊處、異議裁定壹處、異議裁定二處、異議裁定三處、商標信息檔案管理處、變更續展處、法律事務處、商標監督管理處、商標審查質量管理處、計算機系統管理處、駐中關村國家自主創新示範區辦事處22個職能處，編制285人。其中局長1名、副局長4名。
通達商標服務中心於1993年底正式成立，其主要職能是為商標局提供與商標確權相關的服務工作，是商標註冊的輔助機構，現有工作人員256人。