專利權使用費的增值稅稅率為6%，應扣繳的稅額等於受方支付的價款除以(1+稅率)乘以稅率。
根據“營改增”試點的相關政策，營業稅改征增值稅的應稅服務包括商標著作權(使用費)轉讓服務和知識產權服務。其中，商標版權轉讓服務包括商標使用權轉讓服務。因此，特許權使用費屬於現代服務業的提供，適用的增值稅稅率為6%。