根據《勞動合同法》第二十三條規定，總公司與子公司在法律上是獨立的法人，但總公司作為母公司，通常對子公司進行管理和監督，包括保密的管理，總公司簽訂的保密合同中的保密義務和責任通常適用於子公司。
保密合同可以確保商業秘密不被泄露給競爭對手或其他未經授權的人員，從而保護企業的核心技術和商業優勢，防止其他人員未經授權使用或復制企業的知識產權，如專利、商標、版權等，建立信任合作關系，使雙方在經營活動中有更多的相互信任和合作。