畢業論文查重系統通常對以下內容進行查重：
文字部分：包括標題、摘要、正文、參考文獻等。
圖片部分：主要包括封面、目錄頁（如果有）、版權頁等。
引用文獻部分：對全文引用的文獻進行精確檢測，檢查每壹條外部引文是否準確、完整、規範，並且能夠糾正錯誤，確保論文的結構合理性。
論文格式的規範性：格式規範是畢業論文評審的基本標準之壹，所以在進行查重檢測的時候，也需要對格式的規範性進行檢測。包括論文字數、字體、字號、間距等。
需要註意的是，不同的查重系統在具體檢測時會有不同的要求和標準，因此需要結合具體情況進行分析和判斷。