集團還培育了聞名國內外的三九品牌，全國馳名商標“999”多次被國家權威機構評為“中國最高認知率商標”。根據北京名牌資產評估有限公司發布的2005年度中國最有價值品牌評價，“999”品牌價值為83.06億元。2006年1月10日，中國品牌研究院發布“中國100最具價值馳名商標”排行榜，三九商標位居藥品行業第壹位。
集團自成立以來，先後榮獲“全國用戶滿意企業”、“全國質量效益型先進企業”、“全國先進集體”等榮譽稱號。