主要癥狀是疼痛和血尿，僅少數在腎盂中較大不活動的結石，又無明顯梗阻感染時，可長期無癥狀，甚至患腎完全失去功能，癥狀仍不明顯，待出現腎積水或感染時才被發現。其程度與結石部位、大小、活動與否及有無並發癥及其程度等原素有關。結石越小癥狀越明顯。
在腎盂內較小的結石由於移動性大和直接刺激，能引起平滑肌痙攣，或結石嵌頓於腎盂輸尿管交界處發生急性梗阻時，則出現腎絞痛。絞痛後出現血尿，亦有結石逐漸長大導致慢性梗阻，發生腎積水和膿尿。在獨腎或雙腎結石，偶可發生完全性阻塞，由於腎腎反射機理，可引起急性尿閉，甚至發生急性腎功能不全。有的病患表現為貧血、胃腸道癥狀或尿路感染而就診，易造成誤診。