綠色食品標誌商標侵權案件的受理機關包括工商行政管理部門和人民法院。當綠色食品標誌受到侵害時，中國綠色食品發展中心和綠色食品委托機構可以根據自己的意願請求工商行政管理部門查處，也可以直接向人民法院提起訴訟。獲準使用綠色食品標誌的企業也可以參加上述申請。