1，部門不同，2，職責不同，泉州知識產權保護中心以泉州智能制造、半導體產業為重點，圍繞產業創新發展需求，開展審查確權、行政執法、維權援助等工作；泉州市國家市場監督管理總局知識產權保護科主要是制定知識產權保護政策並組織實施，推進知識產權保護體系和信用體系建設。