由於牽扯到商標相似糾紛，鑒於雙方的國有因素，國家後將棗莊中藥廠整合到深圳三九旗下，成立山東三九藥業有限公司，深圳控股55%，棗莊國資委控股45%。深圳三九集團註冊的“999”商標“雙方***同使用”，棗莊中藥廠註冊的“三九牌”商標歸山東三九藥業有限公司“獨有”。
現山東三九藥業有限公司為華潤三九集團北方重要的999感冒靈生產基地；999感冒清熱顆粒和999小兒感冒顆粒的全國唯壹生產基地。
山東三九的產品質量上乘，可媲美北京同仁堂，梔子金花丸，板藍根顆粒等效果絕佳，年產值超過2億元。