商標是我自己註冊的。如果別人進行自主品牌認證，會影響我以後對商標的使用嗎？

商標已經註冊成功，並擁有該商標指定類別的所有權，因此可以合法使用。如果對方也想申請該商標，就要看所涉及的類別之間有沒有沖突。如果沒有其他可以註冊的當事人，屬於同壹類別的，就註冊不成功，妳有權申請商標無效或者提出異議。

獨立品牌認證和妳對商標的使用並沒有太大的沖突。除非他撤銷或者作廢妳的商標，否則妳使用這個商標是沒有問題的。