1．通過註冊集體商標或者證明商標保護。
目前，約有100多個國家和地區通過註冊證明商標或集體商標的方式保護地理標誌。要求地理標誌的持有人將該商標予以註冊的生產低於範圍、技術標準、商標圖案等進行界定，這種界定是說明書的組成部分，當申請被批準時，該說明書就成為註冊中的重要部分，對註冊人和商標使用人具有法律約束力。這種保護方式的優點在於將地理標誌納入到《商標法》的保護體系內，易於對農產品的地理標誌進行程序化保護，也方便在其他國家和地區取得保護。
2．通過《反不正當競爭法》進行保護。
用《反不正當競爭法》作為保護地理標誌的這種方法，在歷史上不斷發展。《巴黎公約》最初規定的行為，即能夠禁止或限於與虛假商號壹起使用虛假產地標記的行為；後來發展為禁止使用虛假或者欺騙性的產地標記(巴黎會約、裏斯本協定、馬德裏協定)，再發展到使用地理標誌構成巴黎公約第10條之二所規定的不正當競爭行為的壹般性禁止。建立在反不正當競爭基礎上的地理標誌保護制度的主要特征之壹，在於法官要在訴訟過程中明確界定該地理標誌定義中的關鍵要素，諸如生產地域、源自地理標誌指示地域的特定質量，以及地理標誌的聲譽。
即使在采取註冊集體商標和證明商標或者專門立法保護地理標誌的國家，反不正當競爭法仍然是保護地理標誌的壹種補充手段，例如，我國商標法就是從反不正當競爭的目的出發，規定對於含有虛假地理名稱標誌的商標不予註冊。
3．專門法保護。
世界上大多數國家不接受專門法保護這種方法，目前國際範圍內約有20個國家按此模式保護地理標誌。這種保護方式又可細分為註冊地理標誌保護和原產地名稱保護。法國是實施原產地保護最早的國家，它有壹套完整又專門的保護方法。法國政府設立了原產地名稱局(INAO)，其主要職能就是對使用“經檢測”的原產地名稱的產品的質量進行檢測和控制。對於除葡萄酒、烈性酒和奶酪以外的其他產品的原產地名稱，則可以通過司法途徑或者行政程序認定。
除上述保護模式外，有的國家采用對不同產品的地理標誌適用不同的法律和程序給予保護的做法。如澳大利亞制定了專門的法律《澳大利亞葡萄酒和白蘭地聯合體法案1980》，葡萄酒地理標誌的保護要依據該法進行註冊保護，除葡萄酒之外的產品標誌則依據《商標法案1995》通過註冊證明商標保護。