依法承辦公司及其分支機構、非法人企業及其分支機構的登記和公司股權的質押；負責審核上報企業使用“浙江”字樣和無行政區劃的企業名稱；承辦省內知名事務所的審計和申報工作；承擔上級工商行政管理機關授權或委托的部分登記事項的初審和復審工作；組織指導本系統企業、合作社和個體工商戶的登記和公司股權出質登記；負責本系統各類市場主體的登記統計，協助各類市場主體登記信息的分析和公開。(企業監管組)
調查研究個體私營經濟的發展和管理，研究制定個體私營經濟發展和監督管理的具體措施和辦法；協調個體私營經濟發展和管理中的問題；負責轄區各類市場主體登記事項的監管；承擔指導基層工商監管業務整合規範的職責；依法查處無照經營；負責協調推進各類市場主體信用分類監管；指導個體勞動者協會和私營企業協會的工作。註冊科(行政審批科)
企業登記科與其合署辦公，負責轄區內公司及分支機構、非法人企業及分支機構的登記和公司股權的質押。
網絡運行監督管理辦公室(信息化辦公室)
負責本系統的信息化建設；承擔網絡商品交易及相關服務行為監督管理的基礎性、綜合性工作；負責本系統的數據分析；承擔信息咨詢管理工作。
消費者權益保護處(12315舉報投訴指揮中心)
負責本系統舉報投訴指揮中心12315；承擔消費者咨詢、投訴、處理和網絡系統建設；承擔流通領域商品(食品除外)的質量監督管理；開展服務和產品的消費者權益保護工作；查處假冒偽劣等侵害消費者權益的行為。(1)經濟檢查支隊(與經濟檢查處合署辦公)
(2)經濟開發區分局
根據市工商行政管理局的授權，負責臺州經濟開發區範圍內指定市場和指定行業的市場監督管理及相關行政執法工作。主要職責是:根據有關法律、法規、規章的規定和臺州市工商行政管理局的授權，負責確認臺州經濟開發區劃定範圍內相關市場主體的法人資格或合法經營地位；負責本轄區內經營者市場交易活動的監督管理；負責轄區內經紀人和經紀機構的監督管理；負責轄區內合同監督檢查、商標監督管理、廣告監督管理；加強工商行政管理的法制宣傳；經營者在其管轄範圍內違反工商行政管理法律、法規和規章的，應當依法予以行政處罰。下設綜合股、註冊股(行政審批股)、巡邏監管股(與經偵大隊合署辦公)和食品安全監管股。