在我國，商標法律關系主要由《商標法》、《商標法實施條例》等法律法規調整，而特殊標誌法律關系由國務院於1996年頒布的《特殊標誌管理條例》調整，此外針對不同的特殊標誌，還會通過制訂不同的單行條例予以規範，如《奧林匹克標誌保護條例》、《亞洲運動會標誌保護辦法》、《世界博覽會標誌保護條例》等等。
2、性質不同
(1)是否以營利為目的是特殊標誌和商標最顯著的區別之壹
商標是生產者、經營者為使自已的商品或服務與他人的商品或服務相區別，而使用的壹種商業標識。根據《商標法》第四條的規定，自然人、法人或者其他組織在生產經營活動中，對其商品或者服務需要取得商標專用權的，應當向商標局申請商標註冊。可見商標是在生產、經營活動中使用的，即在營利性商業活動中使用的，商標使用和申請註冊的主體通常均具有營利性質。
而根據《特殊標誌管理條例》第二條的規定，特殊標誌，是指經國務院批準舉辦的全國性和國際性的文化、體育、科學研究及其他社會公益活動所使用的，由文字、圖形組成的名稱及縮寫、會徽、吉祥物等標誌。由該條文義分析，特殊標誌的使用範圍限於文化、體育、科學研究及其他社會公益活動，具有公益性，或者說是非營利性。且《特殊標誌管理條例》第六條規定，舉辦社會公益活動的組織者或者籌備者對其使用的名稱、會徽、吉祥物等特殊標誌，需要保護的，應當向國務院工商行政管理部門提出登記申請。該條明確了特殊標誌登記申請的主體只能是社會公益活動的組織者或者籌備者，特殊標誌的所有人只能是非營利性的組織。
(2)特殊標誌可用於商業活動並不改變特殊標誌非營利性的性質
根據《特殊標誌管理條例》第十三條，特殊標誌所有人可以在與其公益活動相關的廣告、紀念品及其他物品上使用該標誌，並許可他人在國務院工商行政管理部門核準使用該標誌的商品或者服務項目上使用。可見，特殊標誌雖然具有非營利性，但可以在相關的廣告、紀念品及其它物品上使用，也可以許可他人使用，這裏的“他人”包括營利性的主體。因此，特殊標誌與商標壹樣可以起區分商品或來源的作用，《特殊標誌管理條例》也要求特殊標誌避免與註冊商標產生混淆。但從特殊標誌制度設立宗旨而言，仍然是推動文化、體育、科學研究及其他社會公益活動的發展，雖然特殊標誌可用於商業活動，但與特殊標誌的非營利性並不矛盾。
3、核準程序不同
根據《商標法》的規定，需要取得註冊商標專用權的，應當向商標局申請商標註冊，符合商標法有關規定的，予以初審公告。公告期內，適格的主體可以提出異議，由商標局對異議是否成立進行審查，再作出是否準予註冊的決定。
而根據《特殊標誌管理條例》，審查機關只對特殊標誌是否違反《特殊標誌管理條例》第四條規定的禁止登記的條款進行審查，審查通過即可登記，對於是否損害他人在先權利並在所不問。因此特殊標誌登記沒有初審公告期，也不存在異議程序。如果有損害他人在先權利的情況，在先權利人、利害關系人可以在特殊標誌登記後請求宣告特殊標誌登記無效。
4、期限不同
特殊標誌相關的各種關於期限的規定較之註冊商標的期限規定均有明顯的區別。
商標註冊申請，在無人提出異議的情況下，大約需要9個月的審查期及三個月的初審公告期，因此最快也需要壹年的時間才能核準註冊。如果遇到異議，則又需要壹年以上的審理期。若經異議商標局決定不予註冊，申請人進行不予註冊復審乃至行政訴訟，則商標的核準註冊更是遙遙無期。