1)使用原則和註冊原則的區別。
香港的商標法以使用原則為主，註冊原則為輔；中國大陸的商標法以註冊原則為主，使用原則為輔。
2)商標權取得時間的計算方法不同。
雖然香港商標權和中國大陸商標權的有效期都是10年，但兩地取得商標權的時間不同。在香港，商標權的取得時間從提交商標註冊申請之日起計算，而在中國大陸，商標權的取得時間從商標被核準註冊之日起計算。
3)自然人申請商標有不同的限制。
香港商標法和中國大陸商標法都允許自然人申請商標。香港對自然人申請商標沒有特別限制。但自2007年2月12日起，中國大陸商標法對自然人申請商標設置了壹定的限制。以自然人名義申請商標註冊的，須提供個體工商戶營業執照等相關材料。
4)對選擇商品或服務的不同要求。
在香港申請商標註冊，可以根據商標註冊的商品和服務國際分類表選擇多種商品或者服務，並在商品或者服務說明時註明可以填寫整個商品或者服務類別；根據中國大陸商標法，只能進行壹種類型、壹種標準、壹種註冊，壹種類型下只能選擇10個條目，否則要額外收費。
5)防禦性商標的規定不同。
防禦性商標是商標所有人在不同種類的商品或服務上註冊幾個相同的商標。使用的主要商標是註冊商標，其余為防禦商標。香港商標法明確規定可以申請防禦性商標，更有利於馳名商標的保護。但是，在中國大陸和防禦性商標中，它只是壹個理論概念，尚未成為法律概念。
6)實踐中需要的時間不同。
在香港，獲得商標權大約需要6-9個月，而在中國大陸，大約需要2年或更長時間。
7)不同的權限和權利。
香港商標註冊的主管部門是中國香港特別行政區知識產權署商標註冊處。中國大陸商標註冊的主管部門是中華人民共和國商標局和國家工商行政管理局。香港海關是唯壹有權查處商標侵權的機關，而中國大陸查處商標侵權的機關壹般是各級工商局的公平交易處。
8)代理制度的差異。
根據香港《商標法》，其他國家或地區的權利人可以委托任何人、合夥企業或公司在商標註冊處的任何法律訴訟中擔任商標代理人，只要該代理人在香港有住所或
營業地址；外國人或者外國企業在中國大陸申請商標註冊和辦理其他商標事宜，應當委托國家承認的具有商標代理資格的組織辦理。