註冊時提供的材料不同
1、公司名義註冊需要提供：公司營業執照復印件並加蓋公司的公章。
2、個人名義註冊需要提供：個人身份證復印件、個體工商戶營業執照復印件。
商標歸屬權不同
1、公司名義的商標
所有權歸公司，企業法人或企業的股東不享有對註冊商標的專有權，公司註銷了，商標也就無效了，商標屬於公司財產需要清算的。
2、個人名義的商標
個人註冊的商標只歸個人所有，雖然申請時提供個體戶執照副本的復印件，但是註冊成功之後商標是屬於個人，歸個人使用及其支配。
穩定性不同
1、公司名義商標不穩定
公司申請商標申請人是公司，地址是營業執照上的地址，註冊商標必須跟營業執照上的符合，名稱、地址有壹個變動就需對商標進行變更。
2、個人名義商標較穩定
個人申請商標申請人是個人名字，地址是身份證上的地址（也可以是通訊地址）。個人的身份證壹般是不變的，商標也不需要進行變更，相對穩定。
所有權支配不同
1、公司註冊要由公司決定商標的使用情況。
2、個人註冊權限比較集中，個人享有商標的專用權。
商標註冊申請人名義要求不同
1、企業註冊商標
申請人必須是《營業執照》上的企業名稱，不能更改其它的。
2、個人註冊商標
個體戶申請可以以其《個體工商戶營業執照》登記的字號作為申請人名義提出商標註冊申請，也可以以執照上登記的負責人名義提出商標註冊申請。
綜上所述，申請商標到底是以公司名義來申請還是以個人名義來申請，這完全取決於商標申請人，最為重要的就是符合自身需要。
從商標轉讓上看，無論轉讓在個人名下還是企業名下都有其利弊，需要商標受讓人根據自身需求來決定到底轉讓到個人或者企業。若是轉讓商標主要為了品牌推廣，則轉讓到企業名下最好，讓該品牌更容易進入市場，獲得消費者的信賴。但若是企業目前發展不定，將更改名稱、地址等，那還是轉讓至個人名下為好，免去因更改企業信息而需要向商標局申請更改備案，否則影響商標的轉讓，續展等。
所以，商標註冊的時候就要認真的考慮，若是以發展品牌為主，註冊在公司名義下更容易推廣，若果經常需要更改名稱、地址等，註冊在個人名下更方便。