明洪武元年（1368 年），合肥柏氏家族由遼寧遼陽遷來。壽春的邊、梅、趙、米、王、張六姓回民由山東棗莊老鴰巷遷來。
洪武五年（1372 年），阜陽穆氏等回民由山東棗莊遷來。舒城馬姓回民由河南民權、開封等地遷來。
洪武八年（1375 年），“徙山西真定民無產者田鳳陽”（《明史&S226;太祖本記》）。鳳陽宋姓即由真定燕子窩遷來；蚌埠錢、李、回、忽四大姓回民由山西平陽遷來。
洪武十年（1377 年），太和縣李氏回民由今北京金家胡同遷來；張氏由今北京椿樹胡同遷來；馬氏由河南項城遷來；哈氏由南京來，並集資建清真寺。
洪武十四年（1381 年），馬聚成由雲南調安慶衛指揮使，回族將士大量進入安慶。
洪武二十年（1387 年），和縣馬成祖等由河南新鄉遷來。
洪武二十二年（1389 年），馬哈只由河南改調安慶衛指揮使，“至是於懷寧為遷皖之始祖”（安慶《敦悅堂馬氏宗譜》）。
明初，碭山縣7 戶蘇姓、8 戶馬姓、17 戶許姓由山西洪洞縣老鴰窩遷來，以捕魚撈蝦為生；今固鎮縣任橋安、楊、陳等回民由山西洪洞縣喜鵲窩遷來；潁上縣姚氏由江蘇金壇遷來，王氏由江西安福縣遷來，白氏由河南桑坡遷來；臨泉縣長官鎮的馬、穆、杜等回民從山東棗莊遷來；鳳臺縣胡姓、柏姓由陜西調衛而來，村名有胡家營、柏家營等，以往直呼為“回回營”。明初“藍（玉）案”發生後，王瑛奉命剿滅“藍黨”，率部來到定遠縣王回崗。王瑛及所率部眾大部為回族，後留居王回崗；壹支沙姓回民由南京遷來合肥；江西為家壩壹支陶姓回民遷居合肥，洪武年間，他們集資建寺，“色目人百姓祀之，賜回回崗（今三裏庵壹帶）”（清康熙《合肥縣誌》）。元末任中書省中丞的阿達，明初由甘肅隴西縣遷和州任知州，遂世居和州；原朱元璋部戍守江陰的沙厚德將軍留居和州；陸氏壹族由廣州遷來和州；建文元年（1399 年），撒氏回民由陜西遷和州大西門。
明永樂十四年（1416 年），山西平陽遷回謙壹家至巢縣。宣德五年（1430 年）前，陜西楊姓回民遷居歙縣。宣德年間（1438 年前），賽氏壹族由山東文登縣經池州輾轉至和州。陳氏壹族於明初由西域遷全椒縣，陳景通父子隨朱元璋征戰天下，封驍騎校尉。成化年間，和縣王氏回民由山西太原遷來。泰昌元年（1620 年）前，另王氏回民由河北宛平縣遷來。
明末清初形成回民遷入安徽的第二次高潮。
明隆慶五年（1571 年），宣城回民詹沂中進士，其祖西域遷來，世代居宣城。崇禎年間（1628～1644 年），哈、趙、馬、梅四姓回民由山東棗莊遷今長豐縣壹帶。崇禎末年（1643年）到清順治元年（1644 年），今嘉山李、馬、鎖等姓回民由北京大興縣椿樹胡同遷來。清順治六年（1649 年），山西、河北、河南壹批回族遷入壽縣；和州仝氏回民由陜西西安府遷來。康熙八年（1669 年），河南項城馬姓回民遷入界首。
清初，阜陽縣答姓回民由湖北沔陽遷來；穆姓又有從河南陳州（今淮陽）遷來；馬姓又有從江寧（今南京市）避難而來的。乾隆年間，太和又有從江寧遷入的哈姓回民。另清初有各地回民大量湧入蕪湖，“遂集資建寺”（清康熙《蕪湖縣誌》）。從山西真定遷來壹部李、張、袁等姓回民進入今固鎮任橋。其後壹段時間，又有回民遷入臨泉、定遠、和州等地。
隨著回漢族交往的增多，也有不少漢族與回族通婚後皈依伊斯蘭教而成為回民的。吳山（今屬長豐縣）壹吳姓人到定遠縣二龍張圩村為壹張姓回民幫工，張姓見吳為人憨厚，招納為婿，壹切習俗隨回民，自後改為回族，沿襲至今。明成化年間（1465～1487 年），郭摟（今屬利辛縣）壹漢族青年已和鄰村漢族姑娘訂婚，後因戰亂逃至淮河南岸賈家沖，與壹回族女子結合。動亂之後，攜妻返家，又娶了原訂親的漢族姑娘。回族妻生子為回族，漢族妻生子漢族，從此壹家世系兩個民族，代代相傳。郭樓又得以稱“回漢郭樓”。今壽縣陶店有前陶、後陶之分，前陶因與回族通婚，改信伊斯蘭教，改族籍為回族，後陶仍為漢族。懷遠縣回漢鄉李姓有前李、後李之分，也是如此。