(1)辦公室
負責文電、保密、安全、檔案、統計、信訪、會議等工作；負責機關及全市系統設備和固定資產的管理；指導和協調本系統的政務工作和信息化建設；協調和監督機關工作制度的實施；負責管理新聞宣傳和新聞發布工作，指導和協調本系統的新聞宣傳工作；承擔本系統重點工作、重大活動和先進典型的宣傳策劃並組織實施；開展與新聞媒體的交流與合作；承擔本系統的政府信息和政務公開工作；承擔本系統重大問題的政策研究和綜合調研；承擔重要文件和綜合報告的起草工作。
(2)法規部分
組織起草工商行政管理地方性法規草案，承擔工商行政管理規範性文件的審查、備案和清理工作；組織工商行政執法監督聽證，承辦或參與相關案件的審查、聽證、行政復議、行政訴訟和賠償；組織和指導本系統的法制宣傳、培訓和普法工作；落實執法責任制，指導本系統的行政執法監督工作。
(3)註冊處
調查研究企業和個體私營經濟發展情況，制定企業(包括個體工商戶、私營企業和農民專業合作社，不包括外商投資企業)登記的具體措施和辦法；組織和指導全市系統企業(含個體工商戶、私營企業和農民專業合作社，不含外商投資企業)登記註冊；在規定的範圍內承辦企業登記；承擔全市企業登記管理信息庫的建立和維護以及內資企業登記信息的分析和公開。
(4)公平交易監督管理組(直銷監督管理組)
制定打擊不正當競爭的具體措施和辦法，對重大案件和典型案件進行督辦；制定直銷監督管理和禁止傳銷的具體措施和辦法；承擔對直銷企業和直銷員及其直銷活動的監督管理；協調有關方面開展打擊傳銷的聯合行動；查處違法直銷和傳銷的重大案件；指導本系統的公平交易執法和直銷監督管理工作。
(5)市場合同監督管理科
制定規範市場秩序的具體措施和辦法；承擔規範和維護各類市場經營秩序的工作；參與市場培育建設和市場布局規劃；承擔網絡商品交易及相關服務行為的監督管理；組織和指導商品交易市場的信用分類管理；組織和指導市場的專項管理工作；組織對全市經紀人的監督管理，指導經紀人協會、市場管理協會、汽車交易管理協會的工作；制定合同行政監督管理的具體措施和辦法；組織實施合同行政監督管理；承辦動產抵押物的登記和拍賣管理工作；查處合同詐騙等違法行為；制定並實施合同示範文本制度，組織規範合同格式條款；指導重合同守信用企業協會工作。
(6)食品流通監督管理科
制定流通領域食品安全監督管理和相關市場準入的具體措施和辦法；組織實施食品流通環節的食品安全監督檢查、抽樣檢驗和市場準入管理；承擔流通領域食品安全突發事件的處置和食品安全案件的調查處理；組織協調本系統流通環節食品安全的監督管理工作。
(7)外商投資企業登記管理科
制定外商投資企業登記和監督管理的具體措施和辦法；承辦轄區內外商投資企業(包括外商投資企業分支機構和從事生產經營活動的外國[地區]企業)的登記，並對其登記行為進行監督檢查；組織查處違反登記管理法律法規的行為；承辦在本局註冊的外商投資企業的年檢工作；承擔外商投資企業註冊信息的分析和披露工作；指導全市外商投資企業的登記註冊和監督管理工作。
(八)個體私營經濟和企業監督管理部門
制定內資企業、個體工商戶和農民專業合作社監督管理的具體辦法和措施；組織指導本系統內資企業、個體工商戶和農民專業合作社的監督管理工作；組織查處違反登記管理法規的行為；承擔在本局註冊的內資企業年檢工作，指導全市內資企業年檢和個體工商戶年檢工作；組織和指導企業和個體工商戶的信用分類管理；指導個體勞動者協會和私營企業協會的工作。
(九)商標監督管理科
制定商標監督管理的具體辦法和措施；承擔商標使用和商標印制管理工作，組織查處商標侵權和其他商標違法案件；加強對馳名商標、馳名商標、馳名商標的保護，依法保護特殊標誌和官方標誌；承辦馳名商標和知名商標的推薦和知名商標的認定；研究制定全市商標發展規劃，組織實施商標知識產權戰略；監督管理商標代理機構，指導商標協會的工作。
(10)廣告監督管理科
擬訂廣告業發展規劃、政策和措施並組織實施；制定廣告監督管理的具體措施和辦法；組織、指導、監督和管理廣告活動，組織實施從事廣告業務機構的經營資格審批；組織實施廣告認證和備案；組織並監控各種媒體的廣告發布；查處虛假廣告等違法行為；指導廣告審查機構和廣告行業組織的工作。
(11)消費者權益保護科
制定保護消費者權益的具體措施和辦法；承擔流通領域商品質量的監督管理；在相關服務領域開展消費維權工作；查處假冒等違法行為；承擔和指導消費者咨詢投訴和舉報的處理以及信息的收集、分析、管理和利用；承擔指導12315行政執法系統和消費者權益保護網絡系統建設。
(十二)財務科(審計科)
制定本系統、本局財務管理和內部審計的具體措施和辦法，指導和監督本系統的財務工作；編制、審核和管理本系統的事業發展規劃和基本建設規劃；承辦本系統、本局財政資金的預算和決算；承擔本系統、本局財政收支、非稅收入收繳和票據的管理和核算；負責本系統財務預決算審計、財務收支審計和基本建設審計，負責直屬事業單位、社會團體和直屬工商局領導幹部經濟責任審計。
(十三)人事教育科(基層工作科)
承辦市局直屬領導班子和領導幹部管理工作；負責全市系統機構編制、人事管理、幹部管理、勞動工資、隊伍建設等工作；負責本系統的基層建設；承擔全市精神文明建設工作，組織實施系統評選表彰；組織和指導本系統的教育培訓工作；承辦全市系統人員出國的申報工作；負責離退休幹部的日常服務、管理和活動安排，協助離退休幹部黨支部做好政治思想工作。
此外，根據有關規定設置紀檢監察機構和黨委。經濟監督檢查支隊
查處市場交易中的不正當競爭、商業賄賂、走私等經濟違法行為；承擔全市系統重大案件、疑難案件和典型案件的調查處理；配合有關部門開展行政執法專項整治。