上述貨物、運輸工具和行李物品、郵遞物品進出海南特區時，必須經由設有海關的地點通過，並如實向海關申報，接受海關監管。第三條 海關在海南特區對外開放的港口碼頭、機場、郵局和海關監管業務集中的地點設置海關機構，履行監管職責。
海關在海南特區內和周圍海域派出巡邏小組和關艇執行巡邏、檢查任務。第四條 海南特區內經營進出口業務的外貿企業和生產企業，應經國家規定的主管部門批準，並持有關批準文件和工商管理機關核發的營業執照向海關辦理登記手續。
上述企業應當建立有關進口貨物的使用、銷售、庫存和出口的專門帳冊，供海關核查。必要時，海關可對企業派駐關員進行監管和辦理海關手續。有關企業應免費提供必要的辦公場所和交通工具等方便。第五條 海南特區進口的物資和商品，包括進口料、件生產、組裝的制成品，除國家另有規定者外，不得運往內地其他地區使用和銷售。嚴禁利用國家給予海南的優惠政策和便利條件進行走私違法活動。第二章 對海南特區進出境貨物的管理第六條 海南特區內的企業、事業、行政機關、團體等單位進口建設、生產和自用的物資，應憑國家規定的主管部門或海南省人民政府主管部門批準文件，委托有權經營進出口業務的企業辦理海關手續。
進口國家限制進口的貨物（見附件），按國家有關規定辦理。第七條 上述進口貨物，其關稅和工商統壹稅（產品稅或增值稅）按以下規定辦理。
壹、下列貨物予以免稅：
（壹）海南特區內的企業或機構進口供海南特區建設和生產所必需的機器、設備、零件、部件、原料、材料（包括建築材料）、燃料、交通運輸工具和其他物料；
（二）旅遊、飲食業營業用的餐料；
（三）行政機關、企業、事業、團體等單位自用合理數量的辦公用品和交通工具。
二、海南特區企業進口供市場銷售的貨物（包括國家限制進口的貨物及其零件、部件及各類生產資料），按規定稅率減半征稅。第八條 海南特區企業出口特區產品，包括用內地其他地區原材料經實質性加工增值百分之二十以上的產品，海關憑海南省主管部門的證明文件，免征出口關稅。
海南特區出口國家限制出口的自產產品，接受內地委托代理出口以及收購內地產品出口，按國家有關規定辦理。第九條 海南特區經由內地口岸進出口的貨物，海關按“轉關運輸貨物”進行監管。第十條 海南特區為生產出口產品而進口的原料、材料、零件、部件（以下簡稱料、件），海關比照進料加工的有關規定進行管理。第十壹條 海南特區經批準的企業經營轉口貿易貨物，應存放於符合海關監管條件的倉庫或場所，進出時必須向海關申報，接受海關監管。
轉口貿易貨物在海南特區內存放期限為壹年，必要時可以向海關申請延長，但延長期限最多不得超過壹年。
轉口貿易貨物需在存放地點改換包裝、整理、刷帖標誌、商標時，應向海關申報，在海關監管下進行。第三章 對來往海南特區和內地之間貨物的管理第十二條 海南特區進口的貨物，如需運往內地，應分別按照下列規定辦理：
壹、國家限制進口的貨物和國家規定統壹經營的進口商品，須經國家規定的主管部門批準。
二、海南特區企業使用進口成套散件，成套組裝件或關鍵件，生產、組裝的國家限制進口的產品，在國家主管部門核定的內銷額度內的，又海南省人民政府審批。
使用其他進口料、件組裝的國家限制進口的產品，由海南省人民政府審批。
三、海南特區企業使用進口料、件生產、組裝的非國家限制進口的產品，可徑向海關辦理有關手續。
上述 壹、二、三項所列貨物，其發貨人或代理人應向海關交驗有關批準文件，填寫《經營特區運往內地貨物報關單》，向海關申報，由海關查驗，照章補稅後放行。第十三條 海南特區企業使用進口料、件或部分進口料、件生產、組裝的產品內銷時，海關對其產品所使用的進口料、件按照下列原則確訂證、減、免稅：
壹、產品在特區內銷售的，按規定免征或補征稅款；
二、產品運往內地的，照章補稅；
三、需補稅征款的制成品，發貨人或其代理人如對其所含進口料、件的品名、數量、價值申報不清的，海關按制成品補征稅款。