申請人提交的文件不符合要求或者未繳納所需費用的，專利商標局不予授予申請號和申請日，但將文件退回申請人並說明駁回理由。
申請人應當自專利商標局發出受理申請通知書之日起30日內，請求補正申請受理通知書中的不準確信息。
除非申請人因緊急需要盡快獲得註冊，且“特別請求”申請不符合程序，否則將按提交的順序審查申請。
審查員是受過商標法專門訓練的律師。他們根據《商標法》、專利商標局制定的《商標註冊規則》和《商標審查程序手冊》規定的審查標準審查所有申請。
審查員收到申請後會對其進行審查。審查包括兩部分，即對與註冊無直接關系的申請的審查和對商標註冊的審查。最重要的是申請註冊的商標是否屬於《商標法》中的禁止類。
壹般在申請提交之日起3個月內，審查員發出第壹次審查意見，正式意見包括審查員對申請修改的所有要求。比如修改商品或者服務的說明，請求放棄商標未註冊部分的專用權，請求聲明商標在外文中或者在相關貿易或者行業中是否有任何意義，請求提交實用標簽，或者陳述拒絕註冊的理由。
申請人必須在發出第壹份正式意見之日起6個月內回復正式意見，否則該申請將被視為自動放棄。
在申請人回復第壹份官方意見後，審查員將做出如下回應:
為了克服專利商標局對註冊申請的駁回，需要在規定的六個月期限內向審查員提交駁回理由的相關證據和/或法律論據，或者采取其他相應措施。在極少數情況下，審查員會就官方意見中提出的問題在專利商標局的辦公室會見申請代理人。
在申請最終被拒絕的情況下，申請人可以嘗試滿足審查員修改申請的要求，如果修改將使審查員批準該申請。申請人也可以根據新的證據或者論據請求審查員重新考慮駁回理由，或者向專利商標局商標審理上訴委員會提出駁回註冊的上訴。上訴狀提交後，如果申請人要求申辯，商標審理上訴委員會將對上訴狀進行審理。
如果上訴不成功，申請人可以進壹步向美國聯邦巡回上訴法院或聯邦地區法院上訴。