1863年8月1日，商人富黎德裏希·拜耳和染料專家約翰·富黎德裏希·威斯考特在巴門 (今天德國烏珀塔爾市的壹部分)創建了壹家顏料生產企業。1865年，這兩個人購買了美國壹家煤焦油染料廠的股份並開始了中間體的出口生意。1876年，在莫斯科建立了壹家廠。1881年7月 1日，拜耳和威斯考特的後代成立了壹家合資企業，名叫富黎德裏希·拜耳及其夥伴顏料廠股份公司。1883年，公司在法國北部富雷斯的工廠投入生產。
1884年，化學家卡爾·杜伊斯堡開始了他在拜耳公司的工作。在他的領導下，拜耳的化學家們成功地進行了開創性的發明創造。1888年，拜耳公司創建了醫藥部門。1891年，公司在勒沃庫森購買土地，用來建造生產基地。1897年，拜耳公司的科學研究人員菲裏克斯·豪夫曼博士成功地合成了純化學的、穩定的乙酰水楊酸。1899年，阿司匹靈首次進行了商標註冊，並成為風靡全世界的止痛藥。1912年，公司將總部遷往勒沃庫森。
1925年，富黎德裏希·拜耳顏料廠公司與其它公司合並，成立顏料工業股份公司工業集團。勒沃庫森成為工業集團下萊茵地區聯合企業的主要生產中心。二次世界大戰後盟軍查封了顏料工業股份公司工業集團，以後又將該企業拆散。1951年，拜耳顏料廠股份公司重新成立。 1972年，公司更名為拜耳德國股份有限公司，並迅速向國際化學和醫藥集團發展。1973年，布隆斯布特爾生產基地破土動工。德國蒙海姆農作物保護中心的奠基儀式在1979年舉行。1986年，拜耳從美國制藥公司斯特林·德魯格公司手中重新購得在美國使用Bayer商標的權利。1988年，醫藥研究中心在美國康涅狄格的西港舉行落成典禮。
同年，拜耳成為第壹家股票在東京股市上市的德國工業公司。也是在這壹年，拜耳在美國的所有活動由位於美國賓夕法尼亞州匹茲堡市的拜耳美國管理控股公司統壹管理。1989年，拜耳購入美國紐約塔雷城的庫珀·泰西尼康公司，由此成為世界最大的診斷系統和臨床化學試劑供貨商之壹。1990年，拜耳用17億馬克收購了加拿大艾伯塔的諾法公司橡膠部，並將其更名為鮑雷薩橡膠公司，其總部設在加拿大安大略省的多倫多市。這次收購使拜耳成為世界橡膠領域內最大的原材料生產商。1991年，拜耳展覽交流中心在勒沃庫森落成啟用。1992年，拜耳將蒙拜公司、邁勒斯公司和愛克發公司與拜耳美國管理控股公司合並成在壹起，形成了新的運營公司，名稱是邁勒斯公司。
2014年2月27日拜耳集團宣布收購雲南滇虹藥業集團所有股份。