該研究所專註於應用研究，尤其是在家畜和家禽疾病的預防和治療方面。“六五”至“十五”期間，先後承擔了國家重點工程、國家攀登計劃、“948”引進項目、國家“863”等重大項目。對馬立克氏病、傳染性法氏囊病、新城疫、傳染性貧血病、豬細小病毒病、弓形蟲病、仔豬大腸桿菌病、豬傳染性萎縮性鼻炎、雞傳染性鼻炎、雞支氣管炎、牛傳染性鼻氣管炎等進行了深入研究，研究成果先後獲得國家科委、農業部、北京市市級成果獎20余項。研制的系列家禽疫苗獲得了農業部頒發的8個國家新獸藥證書。
為了使成果更好地產業化，1994投資16萬余元建設了通過農業部驗收、符合GMP標準的生物制品中試車間。北京市科委批準授予“北京生物制品中試基地”，並於2000年投資10多萬元，配備了更先進的生產和檢驗設備，為壹大批新品種投入市場奠定了基礎。中試基地有滅活疫苗生產線、活疫苗生產線、凍幹疫苗生產線三條生產線，擁有壹流的生產線和儀器，先進的生產工藝和智能化管理，嚴格的實驗室和SPF動物檢測體系。為了進壹步實現疫苗產業化，北京於陵禽病防控技術發展有限公司成立於1999。公司按照現代企業制度運作，在董事會的領導下。公司充分發揮人才、技術、資金優勢，已在全國18個省市的1200多個孵化場推廣應用近3億羽，馬立克氏病預防和降低率達到98-99%以上，取得了良好的社會效益和經濟效益。
2001年，在北京市科委的支持下，我所建立了北京畜禽生物制劑高新實驗室。高室配有正壓和負壓無菌室，配備多臺進口高端儀器。研究方向是不斷提高獸用生物制品的技術含量，改進獸用生物制品的生產工藝，使其滿足北京市乃至全國畜牧業疾病診斷和預防的需要以及人類社會的健康安全要求。現在正在開展主要家禽疾病的常規多價和多重疫苗的研制，雞和豬的基因工程疫苗株的構建，以及畜禽傳染病診斷試劑盒的研究。
在優質畜禽品種選育方面，“六五”期間先後承擔了國家重點項目和北京市合同項目多項，如國家重點項目“中國黃羽肉雞配套雜交組合研究”、“瘦肉型豬綜合標準”、“中國瘦肉型豬新母系(D ⅵ系)選育配套研究”等。系統研究了北京油雞和6號優質瘦肉型豬。研究成果獲得國家科委、農業部和北京市成果獎等25項獎勵。
65438-0999成立北京油雞發展中心，專門從事北京油雞的保種、育種、研究和開發。中心下屬的北京油雞原種場位於北京市大興區榆垡鎮，已被列為北京油雞國家級畜禽品種資源保護場。現在保留北京油雞原種雞3000余只，是全國最大的北京油雞種雞群體。北京德盛源珍禽養殖有限公司是由大興縣資興鎮畜牧所和牛坊村經濟合作社以股份合作制形式組建的。2000年被認定為北京市科普示範基地，生產的宮黃雞產品被認定為北京市安全食用農產品2001。
綠色飼料和添加劑的研究。先後承擔並參與了國家重點項目“20-90公斤生長育肥豬能量、賴氨酸和粗蛋白需要量的研究”、“肉肥豬飼養標準”、“雞的飼養標準及飼料配方的研究”等。對畜禽、綠色飼料和飼料添加劑的營養需求進行了研究。研究成果獲得多項成果獎。其下設的綠色飼料研究中心從事植物提取物制備純天然飼料添加劑、生物發酵制備綠色活性肽添加劑的研究，通過合成和改性開發適合反芻動物的高效綠色活性添加劑，帶動本市及周邊地區畜禽生產向綠色養殖業方向發展。
在健康食品的開發中。保健食品的研發早在20世紀80年代初就開始了，主要集中在壹系列蜂產品、壹系列營養雞蛋和從大豆中提取異黃酮。“富硒雞蛋的生產”、“從大豆中提取異黃酮的方法”、“活力蜂王精制品生產技術”等研究成果獲得國家專利。"活力蜂王漿凍幹產品"獲北京市政府三等獎。
北京瑞奇牧業科技發展有限公司下屬的北京瑞奇牧業科技發展有限公司從事蜂產品和保健食品的研發、生產和銷售，註冊商標為“通靈”。公司有堅實的科研基礎，不斷開發新產品上市；有大量專業養蜂人從事養蜂生產；自20世紀70年代以來，門頭溝妙峰山蜂場和懷柔杏樹臺蜂場作為養殖和蜂產品生產基地，成為生產優質蜂王漿和蜂蜜的示範基地。公司目前上市的通靈蜂產品和保健食品有:銀杏蜂王漿、蜂膠滴劑、蜂膠片、鮮蜂王漿、純蜂蜜系列、蜂花粉、鮮蜂王漿等。
在小動物醫學研究中。成立了小動物研究中心，開展小動物疫情研究。新增科研產業項目，包括以種狗為主的北京博納李爽畜牧科技有限公司。投資建設的北京康寶動物醫院於2001年9月通過北京市畜牧獸醫站專家驗收，成為首批獲得《動物診療許可證》的動物醫院之壹，為北京市動物診療和養犬工作規範化做出了貢獻。