1、辦公室
負責機關文電、檔案、信息、統計、保密、信訪等工作；承擔政務公開和機關資產管理等工作。
2、人事教育股
承辦全市工商行政管理系統的機構編制、人事管理、隊伍建設和教育培訓等工作；負責離退休人員的服務管理工作。
3、財務裝備股
負責系統經費、財務、裝備、基本建設和國有資產管理工作；承擔編制財務預決算工作。
4、政策法規股
組織開展工商行政執法監督和聽證工作；承辦行政復議、應訴和賠償有關工作；承擔本系統行政執法行為監督、案件核審和法制宣傳等工作。
5、消費者權益保護股（12315消費者申訴舉報中心）
負責消費者權益保護工作；承擔流通領域商品（不含食品）質量監督管理工作；開展有關服務領域消費維權工作；查處假冒偽劣等違法行為；承擔消費者咨詢、申訴、舉報受理與處理及網絡體系建設工作。
6、食品流通監督管理股
組織實施流通環節食品安全監督檢查、質量監測及相關市場準入制度；承擔流通環節食品安全突發事件應對處理和食品安全案件查處工作。
7、企業監督管理股（個體私營經濟監督管理股）
指導和監督企業、農民專業合作社、個體工商戶登記註冊工作；承擔企業、私營企業、個體工商戶信用分類管理工作；查處違反有關登記管理法規的案件；查處取締無照經營；指導個體民營企業協會工作。
8、商標廣告監督管理股
負責監督管理商標使用；保護商標專用權，組織查處商標侵權行為；依法保護馳名商標、安徽省著名商標、地理標誌商標、特殊標誌和官方標誌；監督管理廣告活動；組織監測各類媒介廣告發布情況，查處虛假廣告等違法行為。
9、監察室
主管全局行政監察工作，監督檢查各直屬、派出機構、各部門及工作人員執行國家政策和法律法規及制度情況。