1，兩者的認可機構不壹樣。
中國馳名商標的行政認定由國家工商行政管理總局商標局或商標評審委員會統壹負責。我國馳名商標的司法認定是由審理案件的法院來認定的，也就是說商標民事糾紛的壹審案件由中級以上人民法院管轄，所有有爭議商標案件管轄權的法院都可以認定。
2.兩者被認可後的救濟渠道是不壹樣的。
僅針對馳名商標的行政認定結果，是否可以請求復審或者提起行政訴訟，沒有明確規定。對工商部門作出的具體行政行為(如行政處罰決定)或商標評審委員會的決定或裁定不服的，可以提起行政訴訟。
對於馳名商標的司法認定，如果對壹審法院認定馳名商標的結果不滿意，當事人可以向上級法院提起上訴，在二審中重新認定爭議商標馳名的事實。如果對二審結果不滿意，理論上可以通過審判監督程序要求重新鑒定。
3.兩者的影響是很不壹樣的。
我國通過行政途徑認定的馳名商標，是由國家工商行政管理總局商標局或者商標評審委員會認定的，因此在全國工商行政管理系統具有很強的權威性，全國各級工商行政管理部門都會根據馳名商標的特殊保護要求加強保護。
通過法院案件認定的馳名商標，只由審理案件的特定法院(中級或高級法院)認定。相比之下，該鑒定在法院系統或鑒定法院所在地的工商部門會有很高的權威性，但在全國其他地方的其他工商行政管理部門的實際效果還不確定。
4、二者對馳名商標的復審或認定有不同的規定。
就法院而言，人民法院將依據《商標法》第十四條進行復審。
對於工商部門而言，已被認定為馳名商標的案件與已被保護為馳名商標的案件保護範圍基本相同，且對方當事人對該馳名商標無異議，或者雖有異議但不能提供該商標不馳名的證據的，受理案件的工商行政管理部門可以根據保護記錄的結論作出裁定或者處理。
受理案件的保護範圍與已經作為馳名商標保護的案件不同，或者對方當事人對馳名商標有異議並提供證據證明該商標不馳名的，商標局或者商標評審委員會應當對馳名商標材料進行重新審查並作出認定。
馳名商標是法院認可的。由於各地法院法官素質不壹，各地法院對法律規定的認定條件把握較松，條件不太過硬的企業喜歡這樣認定馳名商標:
1.由於公眾質疑法院認定馳名商標的條件過於寬松，法院的認定難度越來越大。壹般判決前需要報省高院復核，判決生效後需要報最高法院備案；
2.部分法院對馳名商標認定案件的公開收費較高，導致這種認定方式的成本呈上升趨勢；
3.由於法院認定的馳名商標泛濫，部分法院認定的馳名商標知名度過低，個別申請人假冒現象嚴重，導致法院認定的馳名商標在社會公眾中的公信力下降；
4.由於我國官本位的傳統，壹些企業和公眾認為中院認定的馳名商標沒有國家工商總局認定的權限，壹些優秀企業不屑於以這種方式認定馳名商標；
5.有的地方政府對法院認定的馳名商標，壹半不予獎勵或獎勵；
6、壹些地方工商部門不重視對法院認定的馳名商標的保護。