1、利用商務軟件進行偷稅。壹些超市使用的商務軟件具有所謂的避稅功能，盡管體現方式不壹，但都能隱瞞銷售金額偷稅，主要手段有以下幾種：
——設置折扣率。有的商務軟件可由超市隨意設定壹個折扣率，對銷售業務自動打折，以打折後的銷售額向稅務機關申報。
——加載輔助軟件。有的超市商務軟件加載輔助軟件後，自動按固定比例將銷售打折，然後生成兩套不同的帳，壹套真的用於自己核算，壹套假的用於向稅務機關申報、應付檢查。
——隱瞞銷售收入。有的超市商務軟件將部分收銀員的收銀記錄隱藏，只有用系統管理員的最高權限才能查詢，普通管理員權限無法查詢。
——刪除軟件數據。有的超市“壹不做、二不休”，幹脆把軟件數據刪除，在每月結完上月的帳後，就立即刪除數據，商務軟件留存的，只有本月的數據。令稅務機關無法發覺和取證。
2.另設單機收款，取得的收入未按規定入賬申報。在超市管理系統外單獨設置收款機，對部分商品單獨收款，單獨進行核算，從而隱瞞收入；部分商品單獨設立銷售專櫃，在經營場地內為名煙名酒、茶葉、保健品等商品單獨設立銷售專櫃，收款時不通過POS機，而是直接在櫃臺上交付現金，並單獨進行核算，隱匿收入。
3.發行儲值卡、代金券，收取的款項未按規定核算收入。發行儲值卡、代金券收取的款項計入往來賬戶，不按規定入賬或延遲結轉收入。將收取的已開具發票的款項先計入往來賬戶，待持卡人實際消費時再結轉收入；將收取的未開具發票的款項計入往來賬戶，在持卡人實際消費或儲值卡、代金券過期作廢後不進行賬務處理，不按規定結轉收入。
4.在具有關聯關系並獨立核算的超市間移送貨物，未按規定核算收入。在同屬於壹個總部、分別獨立核算的各連鎖超市之間進行商品調劑、調撥、互供商品和商品批發時，不通過前臺POS機，而是通過“配貨中心管理系統—出貨站”終端直接出貨，未按規定核算銷售收入。
5.收取返利未按規定沖減進項稅額。收取現金返利和實物返利，未按規定入賬，或雖按規定入賬，但未按規定沖減進項稅額；將收取的返利變為收取的費用，申報繳納營業稅，少繳稅款。
6.應稅貨物發生非正常損失未按規定進行賬務處理，未轉出進項稅額。對於開架售貨方式經營的超市來說，丟失商品是不爭的事實，發生商品丟失、黴爛變質等非正常損失，不按規定進行賬務處理，未轉出增值稅進項稅額，而是將損失金額直接沖減庫存商品或將損失金額計入主營業務成本、管理費用等賬戶，有的雖按規定計入有關賬戶，但未按規定做進項稅額轉出。對生鮮商品的非損耗也不規範核算，人為調節生鮮商品的銷售成本，影響商品成本的真實性。
7.超市內設“店中店”，取得的收入未按規定申報納稅。當前，很多有壹定規模的超市將櫃臺或部分場地租賃給其他經營者自主經營，稅務機關難於區分哪些是租賃經營的，哪些是超市經營的。而且租賃給其他經營者自主經營的經營收入沒有通過超市的商業管理軟件記錄，也沒有納入稅務機關的有效管理，形成稅收管理的“真空地帶”。
8.虛開農產品收購發票，多抵扣進項稅額，多列支出。超市在經營農副產品時，擴大農產品收購發票開具範圍，虛增數量和金額，虛開農產品采購發票，多抵扣進項稅額，多列支出，從而造成壹些超市少繳稅款，人為地調控稅負。
9.發生視同銷售行為，未按規定計提銷項稅額。有的超市發生向顧客免費發放贈品、捆綁銷售，將商品用於集體福利、個人消費、抵償債務、贊助、捐贈、廣告支出等視同銷售的行為，未按規定計提銷項稅額。
10.超市除收取場地租賃費外，還收取進店費、贊助費、促銷宣傳費、上架費、海報費等費用，對於後者，超市沒有將這些收費項目計入營業收入，漏記收入，漏繳各種稅費。
11.以總部向連鎖超市收取咨詢費、管理費、特許權使用費、商標使用費等費用的方式轉移利潤，將利潤人為轉移，進行虛假申報，從而少繳企業所得稅等。
二、超市行業稽查對策 ： 實施科學化、精細化管理，是堵塞超市偷稅漏洞、強化管理的根本之策，具體要從以下幾個方面著重加強：
1.稅務人員要積極主動學習新知識、應用新技術，以新理念、高素質來迎接和適應信息時代稅收管理工作的新形勢、新問題，特別是稅收管理員和稽查員要強化計算機技術培訓，做到既會查帳簿、審憑證，也會操作電腦、使用軟件查帳、辦案。提高利用科技裝備與稽查人員並肩作戰，有力地打擊偷稅行為。
2.規範電腦核算程序的開發應用，嚴格落實備案制度。國家應出臺相應的法律法規，對所有電腦核算程序開發和應用進行規範，加強應用軟件使用管理，使企業只能按程序應用。同時，超市應用的各類管理軟件要及時在稅務部門備案，為稅務管理有效地監控企業銷售收入提供法律依據。
3.普遍安裝稅控裝置，提高稅收控管手段。國家根據稅收征收管理的需要，積極推廣使用稅控裝置。各級稅務機關應加強監督，促使超市全面使用稅控裝置，並強化日常檢查，壹旦發現未按規定使用或者損毀或者擅自改動稅控裝置的，可依照新《稅收征管法》的規定進行重罰。
4.創新完善納稅評估和質疑約談工作機制，構建分析、評估、稽查和管理“四位壹體”的互動機制。強化巡查和評估，加強日常巡查，定期對大中型超市進行納稅評估，對規模、經營相近的超市所有財務指標、涉稅指標逐壹相互比對，對存在的疑點積極開展評估問詢、約談，涉嫌偷逃稅的，及時移送稽查局立案查處。另外，對超市內設立由櫃臺單獨收款、獨立核算經營的櫃臺、櫃組，可以實行“以進核銷、以票控銷”等方式強化管理，堵塞漏洞。
5.制定超市稅收管理辦法，重點從四個方面加強控管：
首先，依據原始單據記錄，突出對商品購進和銷售情況進行監管；對增值稅壹般納稅人強制規定定期盤點，對非正常損失進行處理。對於沒有建賬能力的，可以采取查定征收方法。
其次，依據每日銷售記錄，突出核查購銷明細情況。納稅人要自行填報《銷售日報表》，稅務人員依據每日銷售記錄，進行“兩簿壹表”對照，核實其實際經營狀況，掌握其銷售額。
第三，依據銀行和進貨單據，突出對資金與貨物的流向和流量進行雙項比對管理。