(壹)辦公室。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作;負責本系統裝備器材配備工作;負責本系統信息化建設的規劃、指導、管理工作;辦理人大、政協議案、提案工作;承擔綜合調研、綜合材料、新聞報道、保密、政務信息、政務督辦、政務公開、統計、信訪維穩、應急管理、行政管理、資產管理等工作。
(二)法規處。
起草有關地方性法規、規章、規範性文件草案;組織開展工商行政管理執法監督和聽證工作，負責指導和規範本系統行政執法工作，承擔有關案件核審、行政復議、行政應訴和行政賠償工作;組織開展法制宣傳教育工作;組織實施行政執法責任制。
(三)財務處。
研究制訂本系統財務管理的規章制度並組織實施;統籌安排本系統預算經費使用，負責編制本系統部門預算、會計決算及財政支出績效評價方案;依法收取和上繳工商行政性收費和罰沒款項收入;負責市局機關的財務管理工作。
(四)企業註冊處。
承擔規定範圍內的企業登記註冊工作;組織指導全市內資企業、農民專業合作社、個體工商戶的登記註冊工作，並監督檢查其登記許可行為及相關登記註冊工作;承擔本系統內資企業、農民專業合作社、個體工商戶登記註冊信息的分析、公開工作。
(五)外商投資企業註冊管理處。
根據國家工商行政管理總局的授權，負責外商投資企業、外國投資企業分支機構，以及從事承包工程、承包或受托經營管理等生產經營活動的外國(地區)企業和外國(地區)企業常駐代表機構的登記註冊和監督管理;指導全市外商投資企業登記註冊和監督管理工作;承擔本系統外商投資企業、外國投資企業分支機構，以及外國(地區)企業常駐代表機構登記註冊信息的分析、研究工作。
(六)企業監督管理處(與個體私營經濟管理處合署)。
負責組織內資企業及個體工商戶監督管理工作和年檢驗照工作;負責市局登記註冊的內資企業和從事生產經營的其他經濟組織的監督管理及年檢工作;負責組織查處違反企業、個體工商戶登記管理法規的行為;負責企業和個體工商戶信用分類管理工作;負責組織查處無照經營行為;調查研究個體、私營經濟發展與管理情況，指導個體勞動者協會、私營企業協會的工作。
(七)市場規範管理處。
承擔規範維護商品交易市場經營秩序工作;組織實施商品交易市場登記準入管理工作;組織指導商品交易市場信用分類管理工作;組織開展市場專項治理工作;承擔汽車、糧食、農資等重要商品市場的規範管理工作;組織指導網絡商品交易及有關服務行為的監督管理工作;組織指導展銷會登記和監督管理工作;承擔經紀人的管理工作。
(八)食品流通監督管理處。
組織實施流通環節食品安全監督檢查、質量監測及相關市場準入制度;承擔流通環節食品安全突發事件應對處置，組織、指導查處食品安全案件工作。
(九)合同管理處。
組織實施合同行政監督管理;查處合同欺詐等違法行為;調解合同糾紛;承擔動產抵押物登記管理工作;對拍賣企業及拍賣活動實施監督管理;組織指導企業、個體工商戶開展以“守合同重信用”為主題的誠信建設活動;指導合同管理協會工作。
(十)商標管理處。
組織商標和特殊標誌管理工作;組織本市著名商標的認定、管理和馳名商標、廣東省著名商標的推薦、管理;保護註冊商標、特殊標誌及官方標誌專用權，組織、指導查處商標侵權、假冒等違法行為;監督管理商標印制，監督管理商標代理機構;參與制訂、實施廣州市名牌帶動戰略;指導廣州市商標協會工作。
(十壹)廣告管理處。
組織實施廣告業發展規劃、政策措施;指導、監督管理廣告活動;組織對申請中外合資、合作廣告企業的初審上報;核發《廣告經營許可證》和各類廣告登記證，並進行年度廣告經營資格檢查;查處虛假廣告等違法行為;組織指導廣告監測工作; 指導廣告審查機構和廣告行業組織的工作。
(十二)經濟檢查處。
負責組織指揮、協調督辦本系統經濟檢查工作;組織指揮、協調督辦查處重大經濟違法案件;組織指導查處不正當競爭、商業賄賂、走私販私、違法直銷、傳銷等經濟違法案件;監督管理直銷企業和直銷人員及其直銷活動;協助開展有關反壟斷方面工作。
(十三)消費者權益保護處。
承擔流通領域商品質量監督管理工作;開展有關服務領域消費維權工作;指導消費者權益保護工作;組織、指導查處制售假冒偽劣商品案件及商品消費和服務領域中侵害消費者合法權益等違法行為;指導消費者咨詢、申訴、舉報受理、處理和消費者權益保護網絡體系建設工作;指導全市各級12315消費者申訴舉報機構工作。
(十四)牲畜屠宰管理處。
參與起草牲畜屠宰管理的地方性法規、規章草案;組織實施《廣州市生豬屠宰和生豬產品流通管理條例》;負責協調全市牲畜屠宰和肉品流通管理的工作;指導牲畜屠宰管理執法機構的工作;會同有關部門對牲畜定點屠宰廠(場)進行開辦事項審核，對分割肉、外來肉品經營者進行資格認定和備案登記。
(十五)黨委辦公室(與宣傳教育處、機關黨委辦公室合署)。
承辦黨委日常工作;負責本系統幹部隊伍的政治理論學習、宣傳教育和精神文明建設;統籌基層規範化建設，開展基層創先評優工作;規劃指導幹部教育培訓工作，組織實施綜合性教育培訓;組織出國(境)考察培訓工作;負責局機關黨群工作，指導本系統群團工作;負責本系統計劃生育管理工作。
(十六)黨委組織部(與人事處合署)。
負責本系統黨的組織建設;按權限負責本系統人事管理、領導班子、機構編制、工資福利等工作;負責出國(境)人員的政審和統戰、僑務工作。
(十七)督察處。
負責制定工商機關督察工作有關制度;承擔對全市工商機關及其工作人員依法履行職責、行使職權、遵守紀律、工作作風、隊容隊貌及行政效能等情況進行監督檢查的責任;受理行政效能、廉政勤政方面的舉報、投訴;協助有關部門組織實施對督察人員的培訓和考核。
(十八)審計處。
負責組織對本系統各項財政、財務收支的審計監管;負責組織對本系統各項工程的預、決算和領導幹部任期經濟責任審計。
(十九)離退休幹部工作處。
負責機關離退休幹部工作，指導本系統的離退休幹部工作。