從申請的意義來說，他們是壹致的。對於申請人來說有利於產地農業打造知名農產品品牌，提升產地農產品價值，對於推進農業產業化經營、增加農民收入、促進區域農村經濟發展具有重要意義。通過註冊農產品商標和地理標誌，實施品牌化管理戰略，有利於培育地方支柱農業產業，形成地域品牌。
從區別上說
申請人的區別：
國家地理標誌產品的申請人：當地縣級以上人民政府關於成立申報機構或指定協會、企業作為申請人
農產品地理標誌申報人：縣級以上地方人民政府擇優確定的農民專業合作經濟組織、行業協會等組織
從措辭上來說申請人是有壹定區別，實際上也可以認為都是同壹人。
申請條件的區別：
國家地理標誌產品
1.?在特定地域種植、養殖的產品，決定該產品特殊品質、特色和聲譽的主要是當地的自然因素；
2.?在產品產地采用特定工藝生產加工，原材料全部來自產品產地，當地的自然環境和生產該產品所采用的特定工藝中的人文因素決定了該產品的特殊品質、特色質量和聲譽；
3.?在產品產地采用特定工藝生產加工，原材料部分來自其他地區，該產品產地的自然環境和生產該產品所采用的特定工藝中的人文因素決定了該產品的特殊品質、特色質量和聲譽。
農產品地理標誌
1.?產品稱謂由地理區域名稱和農產品通用名稱構成；
2.?產品有獨特的品質特性或者特定的生產方式；
3.?產品品質和特色主要取決於獨特的自然生態環境和人文歷史因素
4.?產品有限定的生產區域範圍；
5.?產地環境、產品質量符合國家強制性技術規範要求。
總結壹下，區別就是國家地理標誌產品在命名上不壹定需要體現地理區域名稱，而農產品地理標誌則必須體現，另外農產品地理標誌還要求該原材料的產地必須是在申請地，而國家地理標誌對原材料的要求可以有部分來自其他地區。可以理解為，農產品地理標誌是初級農產品，不能進行二次加工，而國家地理標誌產品則有部分是可以進行二次加工的農產品。
申請流程的區別：
國家地理標誌產品申請流程
農產品地理標誌申請流程
總結壹下，就是審批對象的區別，國家地理標誌產品是有國家工商總局審核頒發的，而農產品地理標誌則是由農業部審核頒發的。