保護區總面積108700公頃，其中：核心區50536公頃，占保護區總面積的46.5%；緩沖區40571公頃，占保護區總面積的37.3%；實驗區17593公頃，占保護區總面積的16.2%.另外根據東北虎、豹野生種群活動範圍較大的特點，在保護區外圍設立外圍保護帶41778公頃。
保護區管理局隸屬於延邊朝鮮族自治州林業管理局，上級主管部門為吉林省林業廳。保護局下設野生資源保護處、濕地保護處、綜合處、宣教中心、救護中心、科研繁育中心等6個管理部門、6個基層保護站和1個生態保護警察大隊，現有管理人員57人。
保護區2001年成立。國家林業局為該保護區批復壹期工程建設資金643萬元，其中，國債資金514萬元，地方配套129萬元。保護區管理局利用此項資金，先後建設了春化、馬滴達、敬信等保護站的建設，購置了常規的巡護、監測和宣教設備，逐步完成了勘界立樁的工作，並在主要交通路口設立宣傳警示標牌14塊，促進了保護區各項管理工作的開展。 ①保護區管理局采取“走出去，請進來”的方式，邀請國際野生生物保護學會、世界自然基金會的專家和學者舉辦各類專業技術培訓，並組織中層領導幹部到其他國家級自然保護區進行考察學習，提高管理人員的專業技術水平。
②通過設立虎豹監測熱線電話、獎勵信息提供獎勵機制及借助邊防巡邏和森林警察強化巡護工作等形式，積極做好虎豹的保護與研究工作，分析出其個體的差異及活動範圍。
③聯合公安、工商、漁政等管理部門，在加大相關法律法規宣傳力度的同時，定期不定期地對賓館、飯店、市場等可能經銷野生動物及其制品的場所進行檢查。並且從嚴從快查處濫捕濫獵野生動物的違法活動。
④開展宣傳教育活動，邀請中央電視臺、新華社、《人民日報》社等全國20多家新聞媒體，對保護區的建設與發展及不同時期的工作進行報道。同電視臺合作制作完成了《虎殤》、《東北虎的家園》專題片兩部。
⑤加強國際間的交流與合作，同國際野生生物保護學會、世界自然基金會、聯合國教科文組織等國際組織建立了合作夥伴關系，舉辦召開了“建立圖們江下遊地區跨國界生物圈保護區國際研討會”、“圖們江下遊生物多樣性保護跨國界合作研討會”、“中國東北虎野外種群恢復工程建設進程國際研討會”、“東北虎野生種群及其被捕食獵物（有蹄類）監測技術國際研討班”等會議，就實施東北虎、豹野生種群的保護及建立圖們江下遊地區跨國界生物圈保護區等問題。與國際野生生物保護學會（WCS）建立了合作關系，並設立了“中國吉林虎豹保護項目辦公室”，在資金、技術與培訓等方面贏得了支持與幫助。