揚子江藥業自創建以來，以做大做強藥業，邁向國際化企業為目標，不斷加快科技創新、自主品牌建設步伐，打造核心競爭力，企業綜合經濟實力得到快速提升。自1996年起，企業各項經濟技術指標連續10多年排名江蘇醫藥行業首位。1997年起，連續多年躋身全國醫藥工業前五強。2004年至2006年，集團銷售、利稅指標雙雙躍居全國同行首位，上榜“中國最大企業集團500強”和“全國納稅500強”，成為中國制藥企業的“新科狀元”。企業“護佑”商標榮獲中國馳名商標稱號，並通過了ISO14001、OHSAS18001、ISO9001三項體系國際認證。
在企業發展中，揚子江藥業集團堅持走“科技興企”、“科技強企”的發展道路，按照“三高壹特”（高科技含量、高附加值、高市場容量和療效獨特）的新品開發戰略，每年用於技術創新與開發經費支出額占銷售收入的比例達5%以上。除自主研制以外，還通過產學研聯合，廣泛與國內著名的院士、專家、各大院校研究機構合作，與海外高級科研人員合作組建聯合實驗室，***同開發研制。企業掛牌成立了“博士後科研工作站”、“國家級技術中心”，並將科研的觸角向大城市轉移，相繼在北京、上海、南京、成都、廣州等子公司籌建科研中心。旨在推進中藥現代化關鍵技術的突破和集成創新，經國家發改委批準，2003年，揚子江聯合國內5所高校和科研院所成立了“南京海陵中藥制藥工藝技術國家工程研究中心”。2006年以來，揚子江還被科技部列為“國家創新型試點企業”、“新型藥物制劑技術國家重點實驗室”。作為中國（泰州）醫藥城的重要組成部分，由揚子江藥業集團籌建的總投資1.83億元的“江蘇（泰州）新藥研究院”，已列入省“十壹五”重大科技基礎設施建設項目。通過整合科研資源，計劃建設四大研發中心：化學藥物研發技術中心、藥物制劑工程技術研究中心、中藥制造工藝工程研究中心和生物藥物研發技術中心，並建立與之配套的科技成果轉化中心和產業化基地。