雖然沒有證據證明轉基因食品是有害的，也沒有權威人士敢說它是無害的，但是現在吃轉基因食品永遠不會死，但是不吃轉基因食品以後壹定會老死，生病死，這種自然規律誰也無法抗拒。
轉基因食品對人的影響短期內是無害的，但潛在的長期影響仍是壹個待解之謎。所以，無論在國內還是國外，無論在民間還是科學界，轉基因食品都是分為正反兩派的。
不同的國家對轉基因食品有不同的態度。美國是生產轉基因玉米、大豆和菜籽油最多的國家。但是美國對轉基因的爭論沒有中國激烈，很少有人關心是不是轉基因。我國對轉基因的態度非常謹慎，要求生產者有告知消費者其產品是否轉基因的義務，賦予消費者知情權和選擇權:可以吃，也可以不吃。
但是仔細分析的話，本身還是有很多問題的。
首先，轉基因食品改變了當地的種植環境。轉基因食品在種植和生長過程中與非轉基因作物有很多不同，會對土壤和周邊生態環境產生壹定的影響，而且這種影響不壹定是積極的。
導致害蟲升級。轉基因食品本身就有殺死害蟲的基因，但害蟲可以依靠淘汰和進化，對這種特性有較高的抵抗力，導致農藥無法殺死的可能性。
減少非轉基因作物。轉基因作物價格便宜，品種好，產量高。因此，許多農民願意種植轉基因作物。比如傳統非轉基因大豆產區東北，當地大豆逐年減少，被轉基因大豆替代。這種情況很可能造成非轉基因作物的暫停和滅絕。
影響生育。用轉基因食品餵養小鼠的實驗表明，轉基因食品會對小鼠的繁殖和生育能力產生嚴重影響。壹般3-4代之後，就很難繁殖了。所以，對於人類來說，轉基因食品也可能存在同樣的問題。