道光皇帝在用人之際，曾下旨讓各督撫舉薦手下將領作為預備人才，並提出了“素行實在，體面嬌，明紀律，並能與士卒同甘苦，兵民悅服”的要求。泉州營普督軍上奏折舉薦了呂恒安，他說：“長福營參將呂恒安為守兼優，表裏如壹，勞怨不辭，力圖振作，能與士卒同甘苦。” “預備將才之最佳人選，臣會經面商閩浙總督，意見相同……”
道光二十四年（1844）九月，呂恒安卸去了參將職責，閩浙督標中軍劉韻珂制軍準備把他留到營中做副將。由於呂恒安久未見到年事已高的父親，願意回家探親，但是由於軍情緊張而沒有回成，就在營中熟悉副將事務。第二年春節剛過，他就接到了父親以在春節前去世的消息，他非常悲痛。“自己戎馬半生，無所建樹，雙親過世都沒有能親到靈前……”竟然日夜痛哭，多次昏死過去，壹連幾天都沒有進食。
軍士們深為呂恒安的孝心所感動，劉制軍對他也有了更加深刻的了解，下決心起用忠孝仁義都很突出的呂恒安。他接連上奏皇上催促，請求皇上下旨準升呂恒按為閩浙督標中軍副將。以武攀風為首的幾員副將聯名上奏保舉，他們在奏折中說：“呂恒安公正嚴明，謀勇兼備，堪以重用。”兵部以呂恒安有喪在身和以武職人員引見不合適為由，沒有采納他們的建議，並命令呂恒安返回長福營。兵部認為，呂恒安所有作為應是文職，而閩浙督標中軍副將壹職應該由武將擔任。
閩浙督撫聽到這些情況，就找到閩浙督制軍商議，他們又聯名上書，說明了閩浙督事務向來是軍方和地方的精誠合作，呂恒安所處理的地方事務正好顯示了他在軍事和政務兩方面均有過人之才。“非秉公持正，結實可靠而兼有才略膽識者不能稱職，況閩浙為海疆重地，夷人在南臺互市，逼近省垣，厥任尤屬非輕……”
兵部派人到營中考察，稱“訪查輿論鹹稱其體面誠實，練達有為，各營將弁無不貼服，應予委署任”“整頓營武，訓練兵丁，在在皆實心從事”，“據實直言，從無推阿，亦不偏執，在武職中洵為不可多得之才。若退回，合無皇上逾格鴻慈。”兵部得到這些事實，就收回了成命，如實將呂恒安的情況上奏皇上，皇上下旨批準呂恒安升任閩浙督標中軍副將。並恩準回鄉服孝，待期滿後再到兵部報到。
呂恒安升任副將後，壹開始就充分展示了自己的才能。閩浙督標中軍軍營裏，炮臺的修築，戰船的建造以及各營的軍械、彈藥都有他壹手操辦，有時軍事花費要達到幾十萬兩銀子，閩浙制軍都教給呂恒安辦理，並且讓他根據需要，隨時可以調遣需要的人才。呂恒安和他的下屬廉潔奉公，勤於職守，從來不拖延工期，贏得了上級官員得好評。閩浙督軍政兩界的大員聯名上奏，對他的勤奮以示獎勵。但他拒絕接受獎勵，他說：“這些都是大家努力的結果，哪裏是我這個督辦者壹個人的功勞，怎敢勞兩位大人把這些區區小事寫成奏章？實在太慚愧了，請不要這樣。要獎勵的是那些工匠們呀。”眾人都為呂將軍的大義所感動，紛紛稱贊他，贊譽他為“大樹將軍”，由此可見呂將軍的人格力量。
從前福建征兵的時候，水陸七十二營都留有機動數額，軍械和軍費無論多少都由地方官吏捐辦。這樣，就給了壹些不法之徒營私舞弊的機會。他們多報士兵名額，把多出來的軍糧軍餉中飽私囊，據為己有，每個辦事的人員從中得到幾百兩的銀子。呂將軍得知這些情況後，嚴厲斥責了軍中負責征兵的人，“妳們占有這些不義之財，良心何在？”他們竟對將軍說，不領也是白不領，我們不要，他們也不會不要。呂將軍大為惱怒，“居官而受制於奸尻，非夫也！”下令審查前任賬目，查處了那些貪官汙吏，追回十幾萬兩銀子，把他們繩之以法。既整頓了吏制，又從壹定程度上減輕了當地人民的負擔。人們無不拍手稱快。
道光二十六年（1846）八月，閩浙督劉制軍遵旨上奏，稱“呂恒安正直幹練、謀勇兼優，保舉堪勝陸路總兵”，把呂恒安保舉到兵部，先行備案記名。第二年七月，劉制軍再奏，“曉暢營務，堪勝總兵”，“正直廉明，謀勇兼優，足備千城之選”，終於引起了兵部的重視。然而正當兵部準備引見呂恒安的時候，劉制軍卻又舍不得他了。他上奏說，呂恒安所管理的各項工程，都只有他才能處理的好。眼下這些工程正是最吃緊的時候，不能輕易再教給他人，“且臣於明歲開篆後，即當赴浙閱伍，尤須該員在省督率稽查，方免貽誤。仰懇聖恩俯念該員經辦各工均關緊要，準令暫緩交卸。”（見《中華歷史人物別傳集》176頁）壹直到道光二十八年（1848）三月，臺灣總兵劉韻珂告病簡放時，皇上才下詔：
“旨 呂恒安 補授 福建臺灣鎮總兵”
道光皇帝出於軍情的緊急和對呂將軍的信任，特別批示，新任總兵呂恒安不必來京請訓。
這年六月，呂將軍交卸了閩浙督標中軍副將的事務。臨行前，他的同事好友知道他為任清廉，沒有什麽財寶，紛紛拿出壹些財物相饋贈。呂將軍壹壹謝絕了。他說：“我確實沒有什麽值錢得東西，但還能夠吃得上飯，用不上這些身外之物，多謝大家的厚誼。”
赴臺上任的日期漸漸臨近了，不巧的是，這個時候，他的手腳開始麻木，治療了兩個多月才見好轉。他立即命令兒子鶴麟和侄兒慶麟準備起程。
道光二十八年（1846）八月，呂恒安從泉州甘江口海港開始東渡，於九月初七到達臺灣鹿港口。從此離開了大陸，離別了親人。