二是省級綠色食品管理部門委托通過省級以上計量認證的環保監測機構對產品或原料的產地進行環境評價。
三是省級綠色食品管理部門對申報材料進行初審，並將初審通過的材料上報中國綠色食品發展中心；
第四，中國綠色食品發展中心將會同權威環保機構對上述材料進行審查。中國綠色食品發展中心指定的有資質的食品監測機構對其申報的產品進行抽樣，並按照綠色食品質量衛生標準進行檢測。不合格者，當年不再受理其申請；
第五，中國綠色食品發展中心對質量衛生檢驗合格的產品進行全面審查(含實地考察)，並與合格的申請人簽訂《綠色食品標誌使用協議書》。農業部頒發綠色食品標誌使用證書和編號，報國家工商行政管理總局商標局備案，同時向社會公布。對於衛生檢驗不合格的產品，當年不再受理申請。
中國綠色食品發展中心將對企業的申報材料進行審核。材料合格的，將書面通知省級綠色食品管理機構，並委托對申報產品進行抽檢。省級綠色食品管理機構委托接收中心委托抽檢名單後，指派兩名以上綠色食品標誌專職管理業務員對申報企業進行抽檢，並將樣品送至綠色食品指定食品監測中心。根據技術監測報告，得出最終結果。通過最終審核後，中國綠色食品發展中心將書面通知申請人到中國綠色食品發展中心領取許可證，並支付標誌服務費。原則上每個產品1，000元(系列產品優惠)。
綠色食品標簽管理人員每年至少對轄區內的綠色食品生產企業進行壹次監督檢查，並向中心報告企業種植、養殖、加工規則的執行情況。
中國綠色食品發展中心每年年初下達抽檢任務，指定食品監測機構和環境監測機構對企業使用標誌的產品和原料的生態環境質量進行抽檢，抽檢不合格者取消其標誌使用權，並向社會公布。所有消費者都有權監督綠色食品。消費者有權知道市場上的綠色食品是真是假，他們可以直接向中心舉報有質量問題的產品。
有機食品必須滿足以下四個條件:
①原料必須來自已建立或正在建立的有機農業生產體系，或有機采集的野生天然產品。
②產品在整個生產過程中嚴格遵循有機食品的加工、包裝、儲運標準；
③在有機食品生產和平滑度的過程中，生產者有完善的質量控制、跟蹤審查制度和完整的生產銷售標準。
④必須經過獨立的有機食品認證機構認證。綠色食品認證過程介紹