綠色食品標誌的認證時間從通過認證獲得證書之日起計算。有效期滿後，生產企業必須重新申請認證，通過後可繼續使用標誌，同時變更標誌上的編號。從重新申請到獲得認證需要半年時間，期間允許生產企業繼續使用綠色食品標誌。重新申請未通過認證的，企業必須立即停止使用該標誌。此外，在三年有效期內，中國綠色食品發展中心每年都會根據綠色食品的環境、生產和質量標準對產品進行檢驗。如果不符合要求，中心將取消該產品的使用標誌。
申請綠色食品認證的方式如下:
1.申請人填寫《綠色食品標誌使用申請表》壹式兩份(含附件材料)，提交所在地省(自治區、直轄市、計劃單列市)綠色食品管理部門；
2.省級綠色食品管理部門委托通過省級以上計量認證的環境保護監測機構對產品或產品原料的產地進行環境評價；
3、省級綠色食品管理部門對申報材料進行初審，並將初審通過的材料上報中國綠色食品發展中心；
4.中國綠色食品發展中心會同權威環保機構對上述材料進行審查。合格，由中國綠色食品發展中心指定的食品監測機構對其申報產品進行抽樣，按照綠色食品質量衛生標準進行檢測；不合格的，當年不再受理其申請；
5.中國綠色食品發展中心對質量衛生檢驗合格的產品進行全面審查(含實地考察)，並與合格申請者簽訂《綠色食品標誌使用協議書》，農業部頒發綠色食品標誌使用證書和編號；報國家工商行政管理總局商標局備案並同時向社會公告。
《綠色食品標誌管理辦法》第十八條綠色食品標誌證書有效期為三年。
證書有效期滿，需要繼續使用綠色食品標誌的，標誌使用者應當在證書有效期滿前三個月向省級工作機構提出書面續展申請。
省級工作機構應當在四十個工作日內組織完成相關檢查、檢測和材料審查。初審合格的，由中國綠色食品發展中心在十個工作日內決定是否批準續展。準予延續的，應當與標誌使用者續簽綠色食品標誌使用合同，頒發新的綠色食品標誌使用證書並予以公告；不予延續的，應當書面通知標誌使用者，並告知理由。
標誌使用者逾期未申請續期，或者申請續期未獲通過的，不得繼續使用綠色食品標誌。