馬鞍山市工商行政管理局設置內設機構10個, 直屬行政機構3個、派出機構5個。 1、辦公室。
負責機關文電、檔案、信息、統計、安全保密、信訪等工作；承擔政務公開、宣傳和機關資產管理等工作。
2、政治處
承辦機構編制、人事管理、隊伍建設和教育培訓等工作；按照幹部管理權限，承擔市轄縣工商行政管理局領導班子及相當級別幹部管理的有關工作；負責機關離退休人員的服務管理工作。
3、財務裝備科。
負責系統的經費、財務、裝備、基礎建設和國有資產管理工作；編制財務預決算；監督檢查財務、基本建設管理制度執行情況。
4、政策法規科。
組織開展工商行政執法監督和聽證工作；承辦行政復議、應訴和賠償工作。承擔行政執法行為監督、案件核審和法制宣傳等工作。
5、消費者權益保護科（12315消費者申訴舉報中心）。
負責消費者權益保護工作；承擔流通領域商品質量監督管理工作；開展有關服務領域消費維權工作；查處假冒偽劣等違法行為；承擔消費者咨詢、申訴、舉報受理與處理及網絡體系建設工作。
6、食品流通監督管理科
組織實施流通環節食品安全監督檢查、質量監測及相關市場準入制度；承擔流通環節食品安全重大突發事件應對處理和食品安全案件組織查處工作。
7、合同監督管理科。
負責合同監督管理，查處合同欺詐等違法行為；承擔動產抵押登記和拍賣行為的有關監督管理工作。
8、企業監督管理科（個體私營監督管理科）。
指導和監督內資企業、私營企業、個體工商戶登記註冊工作；承擔企業、私營企業、個體工商戶的信用分類管理工作；組織查處違反有關登記管理法律法規的案件；查處取締無照經營工作；指導個體民營企業協會工作。
9、廣告監督管理科。
組織實施廣告業發展規劃和政策措施；監督管理廣告活動；監測各類媒介廣告發布情況，查處虛假廣告等違法行為；指導廣告行業組織的工作。
10、商標監督管理科。
組織查處商標侵權行為，保護商標專用權；開展安徽省著名商標的審核申報和保護工作；依法保護馳名商標、地理標誌商標、特殊標誌和官方標誌。
紀檢、監察機構按有關規定設置。 1、馬鞍山市工商行政管理局經濟執法檢查局（副處級建制）。
承擔有關反不正當競爭執法工作；監督管理直銷企業和直銷員及其直銷活動,協助開展反壟斷執法工作，查處市場不正當競爭、商業賄賂、走私販私、違法直銷和傳銷及其他經濟違法案件；承擔打擊傳銷聯合行動具體協調工作；
內設綜合科、監督管理科，案件審理科、經濟檢查執法壹科、經濟檢查執法二科等5個副科級科（2個經濟檢查執法科分別加掛經濟檢查執法壹、二隊牌子）。
2、馬鞍山市工商行政管理局企業註冊局（外資企業註冊局）。
承擔外商投資企業、內資企業、私營企業登記註冊和年檢工作並監督檢查其登記註冊行為；承擔全市企業登記管理信息庫的管理、維護和企業登記註冊信息的分析、公開工作。
內設綜合股、內資企業股、外資股等3個股。
3、馬鞍山市工商行政管理局市場規範管理局
承擔規範維護各類市場經營秩序工作；承擔監督管理網絡商品交易及有關服務行為工作；承擔管理經紀人及經紀活動工作；組織商品交易市場信用分類管理工作；組織市場專項治理工作；查處行業市場上的違法行為。
內設綜合股、商品交易市場監管股、生產資料和生產要素市場監管股等3個股。 1、馬鞍山市工商行政管理局經濟技術開發區分局（副處級建制）。根據市工商行政管理局的授權，負責經濟開發區內的市場監督管理和有關行政執法工作。
內設辦公室、註冊登記科、監督管理科等3 個副科級科室。
2、馬鞍山市工商行政管理局慈湖經濟開發區分局。
根據市工商行政管理局的授權，負責慈湖經濟開發區內的市場監督管理和有關行政執法工作。
內設綜合股、監督管理股等2個股。
3、馬鞍山市工商行政管理局市轄區分局。
馬鞍山市工商行政管理局設置花山區分局、雨山區分局、金家莊區分局。
根據市工商行政管理局的授權，負責本轄區內的市場監督管理和有關行政執法工作。
各區分局均內設辦公室、人事監察股、註冊登記股、監督管理股4個股室。
馬鞍山市工商行政管理局市轄區分局設置14個工商行政管理所。