1.遠離疾病區域的保護
目前我國無病區面積仍然較大，需要控制無病區棉花品種導致規模化。確需引種時，應進行消毒處理(種子用硫酸脫毛，然後用80%402抗菌劑在55 ~ 60℃浸泡0.5h，或用0.3%多菌靈凝膠懸液在室溫下浸泡14h)，經2 ~ 3年試種、鑒定、繁殖後，大面積推廣。同時，要防止致病性更強的毒株傳入新的區域。要建立無病害的種子田，選擇無病害的棉花種子。
2.種植抗病品種
種植抗病品種是控制棉花枯萎病最經濟有效的措施。20世紀60年代，我國培育了以陜4065，438+0為代表的65，438+03抗病品種，到65，438+0977時，推廣面積達到65，438+067萬hm2，減輕了枯萎病在重災區的危害。70年代育成以86-1為代表的29個抗病品種。到1986，全國種植面積約100萬hm2，重災區棉花枯萎病的危害得到初步控制。20世紀80年代，育成了以中棉所12為代表的48個抗枯黃化品種，到1990，全國推廣面積1.2萬hm2，基本控制了我國南北棉區的枯萎病。90年代以後，我國南北棉區育成的品種基本抗枯萎病，如中棉所24、27、35、36，豫棉19，百棉2號等。新疆還育成了新陸早9號和10，對控制枯萎病的發生發揮了重要作用。在選育和推廣抗病品種時，應註意以下幾點:抗病品種並非完全無菌，有的品種生長期無明顯外部癥狀，但莖切檢、發病率和病情指數較高。這類病株對產量的影響有待調查，但種子帶菌也不容忽視。目前在新疆棉區發現，在無病區或光照區種植壹些抗病品種，再種植當地感病品種，往往發病明顯加重，甚至成片死亡。抗病品種要采取措施不斷提純復壯，同時結合優良的栽培措施，即好品種、好方法，充分發揮抗病能力。目前很多抗病品種在引入新區後短短幾年就喪失了抗病性。究其原因，既與當地病原菌數量多、致病性強有關，也與品種的穩定性和機械雜交性有關。密切關註生理小種的分布、波動和變異，及時為抗病育種提供依據。
3.輪作
重病田玉米、小麥、大麥、高粱、油菜與棉花輪作3 ~ 4年，緩解病害效果明顯，水旱輪作稻棉或苜蓿、棉花與種植綠肥效果較好。
4.加強栽培管理
棉田增施基肥、磷鉀肥，適時播種，合理密植，及時定苗，拔除病苗，對2 ~ 3片真葉的棉苗噴灑可信的殺蟲劑，有利於棉苗的生長發育，可提高抗病性。在病田栽苗、修剪時及時清除病株，深埋在田外，並施熱壓棉餅和無菌土雜肥，均可降低發病率。在棉苗移栽區，使用可靠的氨甲喋呤或粉劑作苗床土壤消毒，可明顯減輕枯萎病的危害。在發病初期，用可信的冬淩草甲素或粉劑、可信的嗎替麥考酚酯或可信的冬淩草甲素進行根灌，均可取得明顯效果。