壹號航空外墻上的澳大利亞航空商標 (右圖)
墨爾本機場的四個航廈***擁有56個登機閘口，其中40個和16個供國內和國際航班使用。 南面貨運停機坪***有六個停機坪供貨機們泊。2005年7月起，各航廈更改原有的名稱。澳大利亞航空國內航廈改為現時的壹號航廈，國際航廈和北航廈（再之前稱安捷國內航廈）則改為二號及三號航廈。
第壹航廈
第壹航廈主要供澳大利亞航空及旗下捷星航空和QantasLink使用，離境層設於上層，而抵達層位於地面。 航廈所有15個登機閘口附設登機橋。
擴建了的澳大利亞航空航廈在1999年年底開幕。擴建工程成本達5000萬元，需時2年完成。澳大利亞航空在第壹航廈內設有Qantas Club、Business Class、Chairmans等三間貴賓室。
第二航廈
第二航廈接機大堂 (右圖)
第二航廈處理機場所有的國際航班，捷星航空經達爾文往新加坡航班除外。第二航廈設有16個登機閘口，11個登機閘口連接登機橋，惟12至16閘口沒有連接登機橋到停機坪。國泰航空、馬來西亞航空、澳大利亞航空（附有兩個貴賓室供頭等及商務艙旅客使用）、新加坡航空、新西蘭航空、聯合航空和阿聯酋航空附有貴賓室於第二航廈。
2007年，第二航廈斥資3億元擴建，項目包括增加零售設施和貴賓室、興建壹個衛星航廈、提升處理行李的能力、重新設計海關及安全檢查範圍等工程 新落成的衛星航廈將設有落地玻璃，能夠俯覽南北跑道，此外還建有三條雙層登機橋，能夠處理壹架空中客車A380客機或兩架較小的客機。兩條新的行李輸送帶將會增加處理行李的能力，以應付A380客機帶來的額外客量。所有工程已於2007年11月展開，預料於2012年完成。
第三航廈
維珍藍專用的13號登機閘 (右圖)
原稱“安捷航空航廈”現由墨爾本機場擁有，供維珍藍航空及區域快線使用。第三航廈***有19個登機閘口，其中11個連接登機橋。
安捷航空在1989年擴建第三航廈，1991年落成。其後安捷旗下的區域性航空Kendell航空遷入本航廈。航廈由安捷航空及旗下航空公司的國內航班獨自使用，壹直到安捷在2001年破產為止。Tesna隨後有意購入安捷，而第三航廈便計劃預番給壹家新的安捷航空。2002年，Tesna退出收購，安捷再把航廈個售予墨爾本機場。墨爾本機場其後翻新第三航廈，維珍藍航空隨之從第四航廈遷入。維珍藍和區域快線亦在第三航廈設有貴賓室。
第四航廈
第四航廈－原稱“Domestic Express”或南航廈，是澳大利亞各主要機場的首個廉價航空航廈。第四航廈原本供維珍藍航空和Impulse Airlines使用，但安捷航空倒閉後，維珍藍遷入第三航廈。2007年6月，墨爾本機場參照新加坡樟宜機場和吉隆坡國際機場的廉價航廈模式，斥資500萬元翻新第四航廈。樟宜機場和吉隆坡機場向廉價航空公司征收較的低落地費和機場處理費，而機場方面則向廉價航空公司提供客運基本設施。與主要的航廈比較，該等的航廈不設登機橋，較小的便利設施和零售設施 。但第四航廈跟部加坡和吉隆坡不同的是，四號航廈與墨爾本機場其他主要航廈是互不相連的。澳大利亞老虎航空自啟航後，壹直獨自使用第四航廈。
捷星航空證實與墨爾本機場商討擴建第四航廈以容納未來國內廉價航空公司的發展。被倡議的擴建計劃包括提升處理老虎航空和捷星航班的基建設施，但計劃會涉及重置現時的貨運中心。項目費用預料多達數億，並需要五年時間完成。