申請註冊歐盟商標，申請人可以直接向歐盟知識產權局（EUIPO）提出申請。申請人也可以委托合法的商標代理機構代理申請註冊歐盟商標。
2、審查
歐盟知識產權局（EUIPO）在收到該商標的申請之後就將會進行歐盟商標審查，若是發現問題將通知申請人在2個月內補正申請內容。未能在規定時間內補正的，歐盟知識產權局（EUIPO）就會將全部或部分駁回申請文件或主張。申請人若是認為歐盟知識產權局（EUIPO）的決定不妥，此時申請人可以向歐盟知識產權局（EUIPO）內部的上訴委員會進行上訴。申請人若是認為訴委員會的決定不妥的，可以向歐盟普通法院（General Court）提出上訴，歐盟普通法院的判決還可以上訴至歐盟司法法院（Court of Justice）。但EUIPO在審查商標註冊申請時並不主動審查是否存在在先權利，在先權利人可以通過異議、請求宣告無效等程序來維護自己的權利。
3、公開申請以及異議
歐盟知識產權局（EUIPO）審查的過程當中認為不存在問題的，歐盟商標註冊申請將會被公開在歐盟商標公報（EUTM Bulletin）上。
任何人認為該申請註冊的商標侵犯到其在先權利的，任何人都可以在申請公開1個月後的3個月內提出異議（opposition），歐盟知識產權局（EUIPO）將組織雙方程序並將最終做出決定。不服EUIPO最終決定的，可以按照上段步驟進行上訴。任何人認為申請註冊的商標不符合商標註冊條件的，可以向歐盟知識產權局（EUIPO）提出意見（observations），提出意見不用付費，歐盟知識產權局（EUIPO）將告知申請人，並予以考慮。
4、註冊及公開
如果在規定時間內無人提出異議或意見或，或者異議或意見不成立的，歐盟知識產權局（EUIPO）將進行註冊、在歐盟商標公報上公開並發給電子註冊證。歐盟商標註冊後5年內必須投入使用，否則任何人都可以將該商標向歐盟知識產權局（EUIPO）提出不使用撤銷註冊的申請。