054電玩公司殺人事件，在參加滿天堂遊戲公司的新作發布會時，柯南意外聽見黑衣組織成員之壹的Tequila給VODKA打電話。不過Tequila旋即被誤炸身亡。他本來的目的是想與電玩公司職員中島交易獲得全世界最有才華的程序設計師的名單，柯南迅速趕往中島經常與之見面的酒吧時，那裏卻發生了爆炸，線索也隨之灰飛煙滅。
128 黑暗組織10億元搶劫事件，因為之前與漫畫對應的“013奇怪的尋親殺人事件”被改編，因此動畫在這裏添了壹集，重新講述了灰原的姐姐宮野明美被琴酒所殺的情節，為之後灰原出現作鋪墊。通過GIN與宮野明美的對話我們得知，與僅僅是組織小卒的姐姐不同，宮野誌保是組織裏少數有頭腦的人之壹。
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件，組織代號SHERRY的宮野誌保因姐姐被殺以停止APTX4869研究的方式表示抗議，結果被組織囚禁在瓦斯室。絕望的她服下了藏著的APTX4969想要自殺，沒想到與新壹壹樣沒被毒死而身體縮小成兒童時期模樣，得以掙脫了手銬從垃圾信道逃了出來。因為她之前已經從對新壹家的調查中發現新壹也變小了，所以新壹成了她唯壹的希望，最後疲憊的她倒在新壹家門口，被隔壁的阿笠博士所救，並寄住博士家裏，以壹名轉校生的身份成為了柯南的同班同學和少年偵探團成員。柯南因此得知了導致他變小的藥的名字和大概信息，不過灰原卻暗示此藥原本的用途不是毒藥。兩人取回了錯寄在廣田教授家的存有藥物資料的軟盤正要查看時，不料電腦卻被軟盤裏的暗夜男爵病毒感染，結果資料全毀。灰原雖然隱藏了起來，但是組織卻沒有放棄尋找叛徒的努力，柯南與灰原也就從此卷入了對組織偵查與反偵察的大戲中。不過灰原好像也沒有透露更多組織的情報，此時的她對組織有著極度的恐懼感。
170-171黑暗中的死角，新出智明的父親被其繼母殺害，小五郎在柯南的協助下破案，乍看與主線毫無關系，之後的劇情卻表明這裏是青山歷時兩年的壹個大伏筆，也是真正的新出智明在三方對決前唯壹的壹次出場。為保護無辜的女傭，警方修改的了案件的紀錄，隱瞞了真實的作案手法，這壹點只有真正的新出知道，日後也被朱蒂用來指證貝爾摩得假扮的新出智明。這時候新出只是帝丹高中籃球隊的臨時教練而不是校醫，真新出本來是要去青森的醫院工作而不是當校醫，校醫應該是VERMOUTH假扮成新出後為了調查當上的。從《361帝丹高中的學校怪談（前篇）》中的柯南的話可以得到佐證。
另外值得壹提的是在這壹集裏，因為新出智明，柯南吃醋了。
176-178 與黑暗組織的再會，柯南和灰原意外發現了GIN停在路邊的車子，於是柯南在車上裝上了發信器與竊聽器想獲得組織的情報，雖然得知了黑衣組織成員之壹PISCO將在杯戶飯店暗殺吞口議員的計劃，但是竊聽器被Gin發現並毀掉，而且他也通過遺留在車裏的茶色頭發聯想到了SHERRY，並肯定她會在酒店現場出現。（壹根茶色頭發就聯想到了灰原，更證明了灰原在組織裏不是個壹般人物。）柯南與灰原潛入宴會想阻止暗殺計劃，不料非但沒有來得及，而且灰原也不幸被PISCO識破身份並綁架囚禁在酒窖中。柯南壹方面利用警察拖住嫌疑犯PISCO，壹方面提醒灰原喝下白幹成功恢復為SHERRY從壁爐逃出。不料GIN正在屋頂守株待兔，並開槍向SHERRY射擊，在這千鈞壹發的時刻，柯南攜變聲器出現用麻醉針射中了GIN，SHERRY得以趁機從煙囪逃生，並恢復成了灰原。PISCO這時也來到酒窖想殺死灰原，卻被柯南揭破了身份，結果PISCO被GIN滅口，死前也沒來得及說出灰原＝SHERRY的秘密。GIN在與柯南的對決中被麻醉針所傷，也發現SHERRY有騎士保護。這壹集我們的得到了很多信息，通過PISCO的話，我們的得知灰原研究的藥不是單純的毒藥（“進展到了這個階段”），而且她是繼承了父母的研究。從後來GIN與VERMOUTH的對話中，我們比柯南更早得知了VERMOUTH就是當時的在場的美國超人氣女星克裏斯賓雅德，是她將紫色手帕分給PISCO想替他掩蓋罪行。後來柯南懷疑當時PISCO有同夥也是基於此。VERMOUTH在事件後熄影並在日本隱居下來，不過從她的話中卻看不出是接受了組織尋找灰原的任務，而是要“弄清楚壹直擔心的事”。（本人推測，這個“壹直擔心的事”應該與尋找新壹有關。VERMOUTH在組織中雖然很受BOSS寵愛，但是長期混跡於冰冷的黑色中的生活厭倦，她的內心深處其實壹直期待有美好的事物出現，有壹顆劃破黑暗的銀色子彈解脫這陰暗的生活。在NY事件中VERMOUTH認識了的聰明勇敢的新壹和陽光善良的蘭，兩人都給她留下了深刻印象。純潔善良的蘭使她重新燃起了希望，相信世間有真善美的存在，她也從此稱蘭為ANGLE。新壹那相信壹切都可以做到的自信眼神和聰慧練達的洞察力，更使她認定新壹就是那個能終結黑暗組織的銀色子彈。VERMOUTH十分珍視兩人這份純真的感覺，因此後來也壹直不願傷害兩人，還多次設法保護，甚至柯南不離開就不對灰原下手。因此當她得知新壹被組織用APTX4869下毒壹直神秘失蹤時，這個深受她器重的新壹的下落就成了她“壹直擔心的事”，她也在日本隱居下來開始尋找新壹，因此我認為是VERMOUTH先發現柯南的身份，然後才發現了灰原。這裏她極有可能結合了自身變年輕的經歷想到了新壹變小的可能性。我推測她當年由於某種巧合使自身細胞活化重組而變的年輕，而那時宮野教授正因為懷有細胞自死然後活化的激進理論而被人稱為瘋狂科學家，黑暗組織的BOSS看到了宮野教授細胞理論對其計劃的巨大價值而給宮野教授提供資金和資源供其研究，而VERMOUTH的變年輕更給了宮野教授的理論以現實的支持。在宮野夫婦死去後，他們的女兒誌保繼承了研究，但藥物並未完成，此實驗階段的藥物造成了實驗對象的大量死亡，並且毒素無法從屍體裏驗出，從而使組織看到了APTX4869作為毒藥的可能性，並且還可以順帶做人體實驗，從而擅自將其作為殺人工具，此舉還引起了灰原的不滿。）VERMOUTH決定從小蘭入手尋找新壹，因此她盯上了新出智明的身份，決心殺死他並冒充他的身份當上帝丹高中的校醫進行秘密偵查。VERMOUTH利用女星克裏斯賓雅德的身份頻繁出入新出的診所，調查新出的生活習慣和人際關系，準備伺機取而代之。這時從美國尾隨她而來的FBI朱蒂等人也洞察到了VERMOUTH的舉動，便設下騙局，使真正的新出在她面前“事故死去”，其實將之秘密轉移，並且開始監視新出的診所。VERMOUTH看見新出壹家在自己眼前出了事故，雖然有些疑惑，但還是假扮成新出出現。
188-193危命的復活，在這壹系列中，VERMOUTH假扮的新出已經當上了帝丹高中和帝丹小學的校醫。吃了灰原研制的解藥後柯南短暫的變回了新壹，並化妝成黑衣騎士與蘭見面，卻被化身為新出的VERMOUTH發現，而且被VERMOUTH偷偷拍下了照片，這壹點可以從後來在朱蒂老師復制的照片那裏得到佐證。VERMOUTH這時確認了新壹沒有死，但是由於當時灰原假扮的柯南也在場，因此還沒猜到柯南=新壹。有人說朱蒂這時也在場，照片有可能就是朱蒂拍的。朱蒂當時卻是在場，從227格鬥遊戲的陷阱（後篇），她對蘭誇獎舞會上的新壹“SO COOL”來看，那天她壹定見過新壹。（這時朱蒂就已經潛進了學校這件事本身也證明了另壹個事實，這時的新出就已經是VERMOUTH假扮的了。）可是除了那時有心調查新壹的VERMOUTH會特別拍下照片外，都不知道新壹是何方神聖的朱蒂怎麽會特別拍下這個素未謀面的小子的照片呢？因此，照片還是VERMOUTH拍的。
226-227格鬥遊戲的陷阱，朱蒂與柯南相識，並註意到他借助園子破案，因此她發現了柯南不簡單，在臨走時COPY了VERMOUTH在照片上對柯南的稱呼――COOL GUY。（這壹舉動也暗示著VERMOUTH已經在她的房間貼上了柯南的照片，並且已經知道了柯南的真實身份。我推測這時候並沒有貼出宮野誌保的照片。）事後朱蒂打電話給同伴時，給VERMOUTH取了“腐爛的蘋果”的代號。但她表示她的監視對象“換了個身份，正在上學”在當時也給了我們她監視的就是柯南的誤導。
230-231迷壹樣的乘客，剛開始時VERMOUTH與GIN的壹段戲就表明了本集和主線有關，我們不但得到了VERMOUTH精於易容的信息，而且知道了她的目的是在日本尋找什麽人，她的口頭禪是A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。少年偵探團和博士壹行在公車上遇到壹起去美術館的朱蒂和新出，這時哀感到車上有組織的成員變得非常害怕（青山在漫畫中告訴我們這個人就是VERMOUTH），後來公車被強盜劫持，雖然最後在眾人的努力下強盜被抓，但是哀留在快爆炸的車上想壹死了之，最後被柯南所救。朱蒂和赤井都是在監視VERMOUTH，好在在柯南的掩護下無論是朱蒂或是VERMOUTH都沒有發現到哀。本集也是赤井秀壹的第壹次正式登場，不過他由於偽裝感冒蒙著臉，灰原也因為柯南的保護沒有露臉，所以兩人都沒有發現對方。當被制服的劫匪問朱蒂到底是誰時，她竟然也爆出了壹句"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"! 難道朱蒂老師的真實身份便是VERMOUTH？這壹集灰原的感覺使我們找出了三個嫌疑人，朱蒂，赤井和新出，另外值得壹提的是新出（VERMOUTH）在車上有維護柯南的舉動。少年偵探團在車上說，感謝新出醫生前幾天幫他們做內科檢查，但是灰原缺席。（新出醫生可能通過這次身體檢查，確認了柯南就是新壹的事實。而且證明了假新出當時的目的是新壹而不是到哀，否則哀的身份早就被她發現了，這壹點可以從“361帝丹高中的學校怪談”得到印證。）這壹集開始VERMOUTH發現了自己的診所受到了FBI的監視，也知道自己化妝的假新出身份已被FBI所知。（這時FBI已經掌握了VERMOUTH診所裏柯南，小蘭和舞會上新壹的照片，但是這時應該還沒有貼出誌保的。）因此她開始采取壹系列誤導和利用FBI的措施，首先她故意偷走了與毛利相關的所有案卷，在《269-270犯罪的紀念品》可以知道。
258-259來自芝加哥的男人，FBI頭頭登場。柯南等人認識了來自芝加哥的老男人“詹姆士 布萊克”，後來他被誤認為是某名人而遭綁架，其實是將計就計，試試柯南的本事。柯南破解出熊貓車的暗號，救出了布萊克。布萊克最後竟然也稱呼柯南為COOL GUY，說明了他和朱蒂是壹夥的。赤井接布萊克走的時候說他被戀人甩了，所以剪短了頭發。PS：這壹集赤井的長發和點煙的樣子甚至讓人懷疑他和GIN是同壹人！赤井駕車出現時被柯南和灰原瞥了壹眼，灰原有奇怪的反應。柯南說布萊克先生不是壞人，只是對詹姆斯這個名字與莫利亞蒂教授相同有些在意（與詹姆斯 莫利亞蒂――福爾摩斯的宿敵同名），同時懷疑赤井。
266-268情人節的真相，京極真也帶著黑色針織帽，被人看見，柯南以為是赤井，十分緊張。而小蘭則說她可能認識這個帶黑色針織帽的男人，引起了柯南的註意。
269-270犯罪的紀念品，破獲錄像帶殺人事件的時候，從高木那裏得知公車劫持案那天，毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回來，暗示有人在調查他們，弄得柯南相當緊張。（後來據VERMOUTH說，偷竊毛利小五郎相關的所有案卷是讓人不知道她其實是在找新出壹個案子的記錄，她找新出案件的資料是為了瞞柯南等人，雖然FBI已經知曉她的真實身份，但為了不在與小蘭，柯南等歷經了案件的人的接觸中露出馬腳，她還是要掌握案件的資料，但沒想到是被改過的。再送回來是誤導FBI讓他們以為她留在日本的目的是與毛利偵探有關，從而讓FBI監視毛利事務所來暴露身份。）故事的最後有赤井監視毛利偵探所的畫面，表明了FBI果然將註意力轉向毛利，但給人以赤井監視柯南的的誤導。還有柯南本來想問蘭關於帶黑色針織帽的男人的事，但是最終沒有說出口。
271-272急忙掩飾的忽略，柯南又壹次在朱蒂面前破案。從朱蒂提醒蘭有無人跟蹤看，案卷被竊引起了FBI的警覺，朱蒂懷疑黑衣組織將對毛利不利。朱蒂在談話中用鴕鳥壹詞來形容柯南小孩卻有大人的智慧，並且提到了bureaus（事務所）代指FBI。（好像和後面出來的COMPANY代指CIA有點對應啊）本集結束時朱蒂說到了收割蘋果的時候了，暗示FBI要對VERMOUTH采取行動了。VERMOUTH發郵件給GIN，提到了“久藏”雪利酒，並且向打了叉的宮野誌保的照片發飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片。（本人推測此時VERMOUTH已經通過在《188-193危命的復活》系列中柯南暫時恢復新壹這壹事實聯想到誌保可能就在附近給柯南配置解藥，並且決定將其找出來加以消滅，她借助FBI監視診所的機會貼出了SHERRY的照片作為靶子，希望FBI幫她找出SHERRY。）
277-278英語教師VS西部名偵探，博士得知毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回來，於是請來平次幫助柯南。兩人分析偷盜案卷的人是想把某個人引出來的圈套，然後柯南又回顧了PISCO案件，懷疑克裏斯是他的同夥，並進壹步懷疑朱蒂=克裏絲。雖然兩人長相完全不同，但柯南知道克裏斯精於化裝。於是兩人去朱蒂的公寓試探，並拜托博士在網上調查克裏斯的資料。在雙方接觸過程中發生命案，案子雖然解決，但是對朱蒂的試探未果。這壹集的重點就是最後在朱蒂的浴室的鏡子後面出現的柯南，蘭和舞會上的新壹的照片，並且照片上的字跡和VERMOUTH的壹模壹樣。按照後來的說法，這是朱蒂曾潛入新出醫院，發現相關的照片後復制的。不過當時這些照片的出現，顯然給了我們朱蒂=貝爾摩的的很大的誤導，還有她最喜歡喝雪莉酒的提示更是使之雪上加霜。另外柯南最後說的除朱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出。
279-280迷宮的陰暗，博士應柯南的要求去克裏斯的網站上查過信息，發現她就是美國已故大明星莎隆賓亞德的女兒。在母親的葬禮上，她才第壹次面對媒體。面對記者的追問，克裏斯曾神秘的回答道：A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。另外，日本的前超人氣女明星也出現在了莎隆的葬禮中，從畫面看正是有希子。（我認為正是基於這個證據，柯南推理出了莎龍和克裏斯其實是壹個人。）
284-285中華街雨中的似曾相識，
286-288工藤新壹NY事件，承接前面蘭回憶起的“帶黑色針織帽的男子”，通過蘭在發燒病倒時的回憶倒述了去紐約經歷的黃金蘋果事件。還交代了新壹和蘭和莎龍的初次見面，以及他們對銀發殺人魔的救命之恩。最後提到真殺人魔其實是別人滅口的，後來得知假殺人魔正是VERMOUTH所扮，這次計劃本來是將秀壹引出並殺死，但是沒有成功。
309-311與黑暗組織接觸，案子的開頭柯南和蘭遇到了赤井秀壹，在談話中赤井提到了壹個表面堅強、暗地流淚的女孩。（估計應該是指宮野明美，他的女朋友。）有人提到，對赤井說蘭“經常”哭感到難以理解，其實這是因為赤井曾經監視過毛利偵探所，因此多次看見蘭暗暗哭泣。另外借此，柯南也了解到了當年蘭和赤井相遇的事情，獲知了赤井FBI的身份，赤井的嫌疑大大降低。通過閱讀板倉的日記得知，黑衣組織委托其開發壹種危害人類的軟件，但他並未最終完成。柯南誘騙VODKA改時間交易，試圖冒充板倉與VODKA接頭，從而想得到他的指紋和行蹤的情報，不料即將成功之際，卻由於GIN的忽然出現而功虧壹簣，柯南還險些被發現，最後躲在儲物櫃裏才僥幸得脫。最後柯南和哀離開的時候，在附近的赤井和哀好像對彼此都有所感覺。
335-336東都顯影所的秘密，有希子回到日本，接偵探團去東都顯影所看電影。在路上有希子和柯南發現他們正在被人跟蹤，柯南認為跟蹤者不是沖著他就是沖著灰原來的，並且很有可能就是黑衣組織的人。其實後來得知是赤井手下的人在監視柯南等人，結尾處赤井還拍下了少年偵探團的照片，還看著哀說太像了，說明了FBI已經中了VERMOUTH的圈套，幫助她找到了變小的SHERRY。但是當時卻讓人覺得赤井很可疑。
338-339 4輛保時捷，開頭處柯南奇怪的騙博士說新出不在家，為什麽不對博士老實說出對新出的懷疑？但後來不明情況的博士還是找來了新出給小哀看病，VERMOUTH假扮的新出就正式確認了哀就是SHERRY，並且在博士家裝了竊聽器，但是朱蒂同時也在場，所以那時我們將所有的懷疑都加到了朱蒂身上。結尾處VERMOUTH冷笑著用打火機燒掉了SHERRY的照片，並得意地自言自語道：“找到了……妳準備好了嗎？我來找妳了！”VERMOUTH要準備采取行動了，真是山雨欲來風滿樓啊。
340-341廁所隱藏的秘密，柯南、灰原和博士去了灰原的父親宮野博士生前工作過的事物所，想從那裏得到壹些黑衣組織的資料以及灰原父母的行蹤。結果他們在廁所中找到了宮野明美放在那裏的灰原媽媽留給灰原的磁帶。這壹集透露了很多內容，開頭處柯南說了句“如果我的推理正確的話，我們應該已經不在人世了”，證明他已經知道新出是克裏斯假扮的，而且明白灰原和他的身份已經暴露，正是不知道她為什麽還沒有采取行動。灰原找到了明美藏起來的錄音帶，她的母親的面目也浮出水面，“Hell Angle”由此而來。在她母親留給她的18歲生日末尾的話語中應該提到了某件驚人的事情，但是青山並沒有說明。結尾處，VERMOUTH邊從飛機場出來邊用手機通著電話，從談話中我們得知，她找來了壹個叫Calvados（蘋果酒）的組織成員，似乎是為她下壹步要采取的行動做的壹個重要部署。另外值得壹提的是，在灰原的夢中，青山已經給出了VERMOUTH究竟裝扮成了何人的暗示，眼睛沒問題的話，壹定就可以發現了。
343-344便利店的陰謀，柯南發現工藤宅子有人來過的痕跡，而且不是小蘭。朱蒂老師突然間辭去了帝丹高中英文教師的工作，說是想回美國了。（其實是要對VERMOUTH采取行動了）在告別派對上，小蘭無意間在朱蒂的衛生間的鏡子後面發現了朱蒂藏著的自己與柯南，灰原等人的照片，不禁疑雲頓生。這也促使她下壹集中偷偷躲在朱蒂後車廂裏想調查她究竟想做什麽。
345與黑衣組織直面對決滿月之夜的二元推理,柯南收到了VERMOUTH寄來的邀請新壹去參加化妝舞會的信件，稱呼竟然是江戶川柯南！柯南知道自己的身份已經暴露並且決定開始行動，他壹方面邀請服部假扮新壹去參加化妝舞會，另壹方面用麻醉針麻醉灰原後假扮成她的樣子準備獨闖組織。來接他的不是VERMOUTH假扮的新出，而是朱蒂！原來FBI也有自己的計劃，他們準備先VERMOUTH壹步接走灰原，引誘VERMOUTH跟蹤至碼頭，然後實施抓捕。（柯南這時應該不確定朱蒂和新出誰是VERMOUTH，而且他倆還有可能是壹夥的，所以他帶上了竊聽器）朱蒂在車上表明了FBI的身份後，柯南告訴了她新出壹案（170-171黑暗中的死角）的真相，要求她利用此來揭穿VERMOUTH，以取得自己的信任。朱蒂揭穿了VERMOUTH同時是克裏斯賓雅德和莎龍賓雅德，但在她招呼同伴要抓捕VERMOUTH時，不料卻被埋伏的Calvados擊傷。原來VERMOUTH棋高壹著，她早就知道了FBI的抓捕計劃，提前化妝成朱蒂來到碼頭，命令埋伏的FBI探員撤退了。而且VERMOUTH對FBI監視新出診所也早已知曉，偷走案卷是為了引誘FBI暴露身份，貼出宮野誌保的照片是利用FBI尋找目標。正當朱蒂形勢危及時，另壹邊化妝的服部解決了舞會上的案子扯下了偽裝，柯南也撕下面具用麻醉針控制住了VERMOUTH，柯南的籌劃終於笑到了最後。但是這時風雲突變，擔心柯南安危的灰原利用備用的追蹤眼鏡忽然找來，反而破壞了柯南的大好計劃，VERMOUTH趁機用麻醉針射中了柯南，並把手槍對準了灰原！就在這形勢失控的時候，小蘭忽然從朱蒂車子的後備箱跳出保護了灰原，赤井也及時出現迫使VERMOUTH不得不以柯南為人質逃離了碼頭。正當VERMOUTH向BOSS發郵件報告時，忽然發現柯南身上有發信器，原來柯南留了壹手，他早料到VERMOUTH找到灰原後壹定會向BOSS報告。VERMOUTH不得不承認放棄SHERRY，為了避免BOSS的郵件地址和身份泄露，VERMOUTH不得不使用了催眠瓦斯，並且朝自己開了壹槍以保持清醒，毀掉發信器後狼狽逃離了現場。
425 Black impact！被組織的魔掌觸碰的瞬間，通過忘記取回的竊聽器，柯南卻發現了驚天的大秘密！原來電視臺主持人水無憐奈也是黑衣組織的成員，柯南竊聽到了她和GIN等人的暗殺計劃，並成功阻止。不料琴酒發現水無鞋底的竊聽器，小五郎反而受到他們懷疑，危在旦夕。好在秀壹及時出現，擊傷了GIN，將裝竊聽器的勾當攬到了FBI身上。VERMOUTH也又再次保護了毛利等人。代號KIR的水無憐奈在行動中受傷昏迷，被FBI送入杯戶中央醫院控制了起來。另外這壹集中柯南得知了布萊克也是FBI的人。
429-430無法回到從前的兩個人，小蘭的倒黴同學本堂英佑出場，眼睛長的和水無很像，好像註意到了柯南通過毛利破案，這讓柯南感覺很不安，對本堂的身份產生了懷疑。
462黑衣組織的影子 年幼的目擊者，壹個孩子目擊某歌星被人從橋上扔下，本堂用和水無壹樣的摸脈搏測謊術，引起了柯南的懷疑。
463.黑衣組織的影子 奇怪的照明，本堂數次想讓毛利等人想起水無的事情來獲取信息，但是都被柯南看出並把話題岔開。
464 黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬，本堂故意引誘毛利註意到壹個小孩家發生的奇怪事件，這個小孩正是目擊水無憐奈受傷的小孩，他說他的母親生前曾經和奇怪的外國女人對話，打聽水無憐奈的去向。
465.黑衣組織的影子 珍珠流星，在那個小孩就要說出摔下摩托車的就是主持人水無憐奈時，柯南及時用假面超人將話題岔了開去。柯南通過外國女人對孩子的回答"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"推測出這個女人就是VERMOUTH。另外本集GIN所說的水無取得BOSS信任的事件也表明她與壹個叫本堂的臥底的死有很大關系。
484-485黑色照片的去向，服部調查水無未果，但意外發現本堂及其父親在大阪生活的情況，因為瑛佑小時候曾經和父親壹起去大阪的燒烤屋吃燒烤，其父和店長很談得來。然而店長已經去世，所以柯南、阿笠博士和灰原決定造訪住在東京的店長的孫子家，想從他那裏得到些本堂及其父親的情報。不料在這個模型愛好者西郡家裏遭遇了盜竊案件，成功解決後柯南他們終於看到了瑛佑無意間照的照片，照片上看到了瑛佑的父親，並了解到瑛佑的父親常和黑西裝的外國人打交道，並在Company（＝CIA）工作，曾打入過黑衣組織。001雲霄飛車殺人事件(組織)
054電玩公司殺人事件（組織）
129來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件（組織）
170,171暗閣中的死角 （新出登場）
176,177,178與黑暗組織的再會（組織）
188---193危命的復活（蘭）
226,227格鬥遊戲的陷阱（朱蒂登場）
230,231謎壹樣的乘客（赤井登場）
258，259來自芝加哥的男子（詹姆斯登場）
269，270犯罪的紀念品（有提到警察局關於毛利的案卷被偷壹事）
271，272緊急隱藏的省略（朱蒂）
277，278英語教師VS關西偵探（朱蒂）
286，287，288工藤新壹NY事件（不用多說了吧）
289，290迷惘森林中的光彥（上下集）（有提到哀對組織氣味已經不敏感了。和沼淵已壹郎是組織壹員的事。）
307，308沒有聲音的證詞（組織相關，下壹集的引子）
309，310，311與黑色組織的接觸（組織）
335，336東都顯影所的秘密（有神秘人）
338，339 4輛保時捷（朱蒂和貝爾摩德假扮的新出發現哀）
340，341隱藏在廁所裏的秘密（更多關於哀父母的消息，找到明美藏起來的錄音帶）
343，344便利店的陷阱（可以不看，就是最後壹段是小蘭發現朱蒂藏的照片，懷疑朱蒂）
345 與黑衣組織直面對決滿月之夜的雙重迷案（不多說了）
346，347尋找P股上的印記（上集案件的掃尾，關於哀拒絕證人保護計劃的事）
還有些集案件本身沒什麽，其間就壹兩句話和組織的事有點關系或者哀的話暗藏玄機，可以不看的
130，131競技場無差別脅迫事件
222，223，224招致死亡的人魚傳說（人魚小島簽名冊有宮野誌保的名字）
242 元太的災難（好像提到GIN是左撇子)
246，247網中的謎事件（哀和蘭握手）
279，280迷宮的陰暗（這集哀說了很多話）
312，313染上夕陽的布偶（哀說了關於夕陽的話）
335 東都顯影所的秘密（前篇）
336 東都顯影所的秘密（後篇）
338 4臺保時捷（前篇）
339 4臺保時捷（後篇）
340 廁所隱藏的秘密（前篇）
341 廁所隱藏的秘密（後篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）
345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重迷案
346 尋找屁股上的印記（前篇）
347 尋找屁股上的印記（後篇）
361 帝丹高中學校怪談(前篇)
362 帝丹高中學校怪談(後篇)
374 星星與香煙的暗號（前篇）
375 星星與香煙的暗號（後篇）
385 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音 （前奏）
386 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音 （間奏）
387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音 （尾聲）
425 黑色的沖擊！黑色組織魔爪伸來的瞬間(水無憐奈登場，小五郎受到懷疑，若不是秀壹就掛掉了)
462 黑色組織的影子 年幼的目擊者（黒の組織の影 幼い目撃者） 2007/01/29
463 黑色組織的影子 奇妙的照明（黒の組織の影 奇妙な照明）2007/02/05
464 黑色組織的影子 謎壹樣的高報酬（黒の組織の影 謎の高額報酬）2007/02/12
465 黑色組織的影子 珍珠的流星（黒の組織の影 真珠の流れ星）2007/02/19
484 黑色照片的去向（前篇） 黒い寫真の行方（前編）
485 黑色照片的去向（後篇） 黒い寫真の行方（後編）