申請人可以通過兩種途徑申請註冊瑞士商標：壹是直接通過IGE遞交瑞士商標註冊申請;二是根據《商標國際註冊馬德裏協定》或《商標國際註冊馬德裏協定有關議定書》的規定，提出商標國際註冊申請。
商標註冊優先權
1.《巴黎公約》優先權
在《保護工業產權巴黎公約》成員方或在給予瑞士互惠待遇的國家首次進行商標註冊申請後，6個月內在瑞士提交相同商標註冊申請的，可以享有優先權。以優先權日為申請日。
2.展覽優先權
在《國際展覽公約》規定的正式展覽會上展出帶有商標的產品或服務，在展覽開幕後的6個月內向IGE提交該商標的註冊申請，可以享有優先權。展覽開幕日為優先權日。
直接向IGE提出商標註冊申請的程序
1.商標檢索
由於IGE在商標註冊審批過程中不審查被申請標誌是否侵犯已註冊商標或其他企業的權利，因此在提出商標註冊申請前，申請人應先進行商標檢索，以保證待申請的標誌不會侵犯任何在先權利。可使用的在線數據庫包括：
● 瑞士註冊知識產權數據庫(Swissreg)：可以檢索在瑞士註冊的商標、專利、外觀設計及受保護的集成電路布圖設計。
● 瑞士企業信息數據庫(Zefix)：瑞士聯邦司法和警察局(FDJP)和聯邦司法部(FOJ)提供的數據庫，可檢索瑞士企業名稱及註冊情況等信息。
● 瑞士互聯網域名數據庫(SWITCH)：可檢索以 .ch 為結尾的瑞士域名及域名持有者。此外，在 www.nic.li 上還可檢索以 .li 為結尾的列支敦士登域名。
● 馬德裏國際商標註冊數據庫(Madrid Monitor)：可檢索通過馬德裏體系註冊的所有商標的詳細信息。
● 歐盟商標數據庫(TMview)：可檢索歐盟專利商標局及歐盟各成員國知識產權主管機構受理的商標註冊情況。
申請人還應檢查待申請標誌是否存在和其他商標相沖突的可能，具體內容可參見IGE提供的《沖突時哪類標誌優先》與《混淆風險：是或否?》。
2.申請材料的準備
根據瑞士商標註冊申請表，申請人需要提供的信息包括：
(1)申請人(Markenhinterleger/in)
寫明申請人全名;如果是公司，寫明公司名稱、地址、郵政編碼/地區。
(2)代理人(Vertreter/in)
寫明代理人全名;如果是公司，寫明公司名稱、地址、郵政編碼/地區。
(3a)聯系人(Kontaktperson)
寫明代聯系人全名、電話及傳真號碼。
(3b)參考編號，卷宗(Referenznummer, Dossier)
(4)標誌(Marke)
對於使用了特殊字體和特殊圖形設計的標誌，應在申請表中該項右側的方框內黏貼黑白兩色的附圖。圖片的最大尺寸為 80 x 80 毫米。
可選擇標誌屬於：三維標誌(Dreidimensionale Marke)、聲音標誌(Akustische Marke)、帶有顏色要求的標誌(Marke mit Farbanspruch)、顏色標誌(Farbmarke)，或自行填寫標誌類型。
(5)費用(Gebühren)
寫明申請費(Hinterlegungsgebühr)和類別附加費(Klassenzuschlag)的金額，並選擇付款方式——根據IGE開具的付款賬單付費，或者允許IGE從指定的賬號直接扣款。
(6)產品和/或服務所屬類別的清單(Verzeichnis der Waren und/oder Dienstleistungen)
商標僅在註冊時指定的產品或服務類別受保護。瑞士商標分類適用《商標註冊用產品和服務國際分類尼斯協定》的分類方式，***分為45類。申請人可使用IGE提供的在線工具(Klassifikationshilfe)幫助確定商標分類，如果仍有問題，可通過電子郵件向IGE咨詢。
(7)商標類別(Markenart)
申請人可選擇所申請的標誌將被用作普通商標(Individualmarke)、證明商標(Garantiemarke)或集體商標(Kollektivmarke)，如不選擇則默認用作普通商標。
(8)優先權要求(Priorit?tsanspruch)
申請人應根據《保護工業產權巴黎公約》寫明其取得優先權的國家及日期。如果僅有部分優先權，需要澄清在哪些產品或服務類別上擁有優先權，或者提供相應的優先權證明文件。
(9)顏色要求(Farbanspruch)
(10)備註(Bemerkungen)
(11)附件(Beilagen)
(12)日期及簽名(Datum und Unterschrift)
更多具體要求，可參見IGE提供的 eTrademark 使用幫助。
3.提交申請
在線提交商標申請，可使用IGE提供的 eTrademark 系統(只可選擇德語、法語或意大利語)。系統將引導申請人逐步完成申請材料，其中包含對填寫內容的說明。
申請人也可通過郵寄、傳真或電子郵件(tm.admin@ekomm.ipi.ch)將申請表提交給IGE。IGE在伯爾尼的地址為：
Eidgen?ssisches Institut für Geistiges Eigentum
Stauffacherstrasse 65/59g
CH-3003 Bern
要註意的是，雖然IGE拓寬了電子申請的途徑，但如果選擇通過電子郵件提交商標申請，必須使用上文中的地址，而不能使用IGE其他的電子郵件地址，例如申請表上的info@ipi.ch。否則，申請不屬於合法有效被提交，且將被延誤。
IGE的正式函件將繼續以郵寄方式發送，但是不涉及行政程序的壹般交流仍可通過電子郵件進行。
更多內容，可參見IGE《通過電子郵件簡化提交電子申請的使用條款》。
4.初步審查
IGE對申請材料中指定的產品和/或服務所屬類別進行審查。如果申請人使用了在線工具 Klassifikationshilfe 中的術語，將快速通過審查。否則，IGE將花費更多時間來確定所申請的商標到底被指定到哪些類別。
5.錄入數據庫
申請材料將會存放在 Swissreg 上，申請人可隨時通過 Swissreg 查看申請的進度狀態。
6.提供申請證明
IGE向申請人提供確認其提交了商標註冊申請的證明。
7.格式和申請材料審查
IGE將審查申請材料的格式及內容是否存在缺陷。如果存在問題，IGE將與申請人聯系，申請人有機會對這些問題進行修正。
8.授權
如果申請材料通過IGE的審查，標誌將獲得瑞士國家商標註冊，申請人將取得註冊證書。同時，申請文件將在 Swissreg 上被公開。此後3個月內，第三方可對該商標註冊提出異議。