商標侵權的保全證據主要需要經過如下流程：
1、管轄：向有商標侵權案件管轄權的人民法院提出。
2、申請：商標註冊人或者利害關系人向人民法院提出申請，應當遞交書面申請狀並交納費用，申請人申請訴前保全證據可能涉及被申請人財產損失的，人民法院可以責令申請人提供相應的擔保。
3、裁定及通知：人民法院接受申請後，經審查符合規定的，應當在48小時內作出書面裁定。
4、裁定的執行：裁定采取保全措施的，應當立即開始執行。
5、裁定的解除：商標註冊人或者利害關系人在人民法院采取保全措施後15日內不起訴的，人民法院解除保全措施。
根據《中華人民***和國商標法》第58條：為制止侵權行為，在證據可能滅失或者以後難以取得的情況下，商標註冊人或者利害關系人可以在起訴前向人民法院申請保全證據。
二、商標侵權訴訟時效是多久?
我國《商標法》及其《實施條例》中，並沒有對侵犯商標權的訴訟時效作明確的規定，根據《最高人民法院關於審理商標民事糾紛案件適用法律若幹問題的解釋》，侵犯註冊商標專用權的訴訟時效為二年，自商標註冊人或者利害權利人知道或者應當知道侵權行為之日起計算。
商標註冊人或者利害關系人超過二年起訴的，如果侵權行為在起訴時仍在持續，在該註冊商標專用權有效期限內，人民法院應當判決被告停止侵權行為，侵權損害賠償數額應當自權利人向人民法院起訴之日起向前推算二年計算。
此外，根據《民法通則》關於訴訟時效的規定，訴訟時效期間從知道或者應當知道權利被侵害時起計算。但是，從權利被侵害之日起超過二十年的，人民法院不予保護。有特殊情況的，人民法院可以延長訴訟時效期間。
其實，商標侵權可以通過協商、行政手段、向人民法院起訴這三種方式來解決。但在侵權時效的約束下如果協商未果，建議立即其他方式進行維權，避免浪費時間。
綜上所述，商標侵權的案件當中涉及復雜問題的同時肯定會由此衍生出大量的證據，但是有大部分的證據是非常容易被破壞或者消除的，所以為了被侵權的人可以確實拿到證據並給法官作為判案的依據，就需要請求有強制力的法院出馬進行全面的保護。