(1)商業秘密是壹種財產權，競業禁止是壹種限制性權利。商業秘密是壹種特殊的無形財產權，即知識產權。《反不正當競爭法》將商業秘密的主體稱為“權利人”，這顯然是將商業秘密視為壹種權利。刑法將侵犯商業秘密罪歸入“侵犯知識產權罪”的範疇，並將侵犯商業秘密與侵犯註冊商標權、專利權、著作權並列，無疑是將商業秘密視為知識產權。而且刑法把商業秘密的權利人變成了“所有人”，說明權利人可以享有商業秘密的所有權。
競業限制限制了勞動者的合法權利。由於離職員工不允許從事與原企業相同或相似的行業，必然導致員工無法利用這些謀生技能，限制了個人發展。但這並不意味著競業限制是違法的，因為勞動者的部分就業權利受到了協議限制，即給勞動者設定了在壹定期限內不得從事約定行業的義務，法律也要求用人單位給予勞動者壹定的經濟補償。
(二)商業秘密的保護是無限期的，競業禁止期限最長為兩年。《勞動法》第二十二條規定，勞動合同當事人可以在勞動合同中約定保守本單位的商業秘密，這是勞動者忠實義務的體現。即使在勞動合同終止後，根據《合同法》第九十二條規定的後合同義務，前員工也有遵循誠實信用和保密原則的義務。保密義務是不侵犯他人商業秘密的不作為義務。即使保密協議到期，只要他人商業秘密的保密性沒有喪失，也不影響保密義務的繼續履行；將保密義務期限等同於保密協議或主合同期限是錯誤的，不利於商業秘密的保護。
競業限制將影響員工的生活質量甚至生存，因為他們在離職後不得使用自己熟悉的經驗和技能。如果禁止期限過長，超過了保護用人單位合法利益的必要限度，必然會侵害勞動者的合法勞動權利。《勞動合同法》第二十四條規定，勞動合同解除或者終止後，前款規定的人員到與本單位有競爭關系的其他用人單位生產、經營同類產品或者從事同類業務的，或者自主創業生產、經營同類產品或者從事同類業務的，競業限制期不得超過兩年。
(3)商業秘密的保護可以是無條件的，競業禁止需要支付相應的對價。保守秘密是勞動法和合同法規定的勞動者的義務，是法定義務。這種法定不作為義務的目的是防止侵犯權利人的所有權，不需要支付保密費。即使約定了保密費，當壹方不繳費時，保密義務人也不能以欠費為由違反保密協議。歸根結底，只要商業秘密得到保密，義務人就會壹直遵守保密義務。保密協議的作用只是以書面形式明確商業秘密的範圍，同時可以約定違反保密義務的違約金，免除侵權後損失金額的舉證責任。
由於競業限制，員工掌握的謀生知識、經驗和技能無法得到充分發揮，很可能不會從事自己的專業或熟悉的工作，收入或生活質量下降是必然的。因此，企業必須給予壹定的經濟補償。《勞動合同法》第二十三條規定:“對負有保密義務的勞動者，用人單位可以與勞動者在勞動合同或者保密協議中約定競業限制條款，約定在勞動合同解除或者終止後的競業限制期間，每月給予其經濟補償。勞動者違反競業限制約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。”雙方未約定經濟補償金或者企業未支付的，勞動者可以督促用人單位協商支付經濟補償金，用人單位拒絕支付經濟補償金的，勞動者可以解除該條款；其次，競業限制必須謹慎，約定的範圍必須準確。如果任意擴大競業限制的範圍，損害了員工的工作權和擇業權，法院會以侵犯憲法權利為由確認競業限制協議無效。
(4)商業秘密和競業禁止的產生條件和舉證責任不同。
商業秘密基於法律的直接規定而產生，或者基於勞動合同的附隨義務而產生。無論當事人是否有明確約定，員工在任職期間和離職後都有義務保守商業秘密。但是，員工離職競業限制的義務是基於雙方的約定，沒有約定就沒有義務。
違反保密規定往往是以隱蔽的方式進行的，企業不容易提供證據，因此起訴難度較大。但是違反競業限制的行為，因為在競爭性企業工作或者自營競爭性業務，是壹個很容易證明的外在事實。
綜上所述，商業秘密權來源於法律的直接規定，其效力完全取決於商業秘密的保密性。壹旦秘密被公開，它們就會丟失。也就是說，只要商業秘密被保密，義務人就要永遠保密；競業禁止的效力取決於雙方約定的時間和地域範圍以及價款的支付。法律規定的最長競業限制期限為兩年。義務人違反競業限制不壹定違反保密條款，競業限制期滿不影響義務人保守商業秘密的義務。