上海市工商行政管理局浦東新區分局設13個職能處（室）。
（壹）辦公室（財務處）
協助局領導處理日常事務工作;負責分局重要稿件的起草和文秘、宣傳報道、機關文書檔案、統計、信訪、外事、機要、保密、保衛、接待以及其他內部事務的行政管理等工作;負責信息技術的管理和協調;負責國有資產使用管理工作;承擔綜合性調研，協調全局調研工作;督辦分局布置的各項工作任務。
負責經費預算、決算的編報及實施;負責會計、財務、票據、控購日常管理工作;監督和管理基層工商所、隊以及分局直屬單位的財務活動。
承辦上級領導交辦的其他工作。
（二）政策法規處
參與承擔市局下達的本市工商行政管理法規、規章草案的擬訂和涉及工商行政管理的規範性文件的修改工作;組織工商行政管理法律、法規的宣傳和培訓工作;組織實施工商行政管理執法監督檢查;負責案件的同級核審和聽證工作;與業務處室***同承擔分局行政復議、行政訴訟應訴和行政賠償理賠工作;承辦上級領導交辦的其他工作。
（三）幹部人事處 負責幹部考核、任免和後備幹部的選拔、培養工作;負責機構、編制、公務員錄用、人員調動和辭職、辭退工作;負責工資、福利工作;負責離、退休幹部工作;負責幹部教育培訓、智力引進和出國人員政審工作;負責幹部人事檔案和人事信息統計工作;負責專業技術職務和崗位資格的聘任及評優表彰工作。
（四）企業註冊處
負責受理或受托受理各類企業及其他從事生產經營活動單位的登記註冊工作;依法核發企業和其他經營單位的營業執照;指導外高橋保稅區分局和新區分局駐張江辦事處的企業登記註冊工作;指導工商所對個體工商戶、個人獨資企業、合夥企業和自然人設立的有限責任公司的受理初審;承辦上級領導交辦的其他工作。
（五）外資註冊處
受托受理外商投資企業及其分支機構、辦事處和外省市外商投資企業在浦東新區設立的分支機構、辦事處的登記註冊工作;指導外高橋保稅區分局的企業登記註冊工作承辦上級領導交辦的其他工作。
（六）市場主體監督管理處
研究擬定各類企業、個體工商戶及其他從事生產經營活動的單位的監管辦法和措施;組織實施對各類登記註冊的企業、個體工商戶及其他從事生產經營活動的單位進行日常監督管理和年檢、驗照;組織實施查處違反登記管理有關規定的案件;負責指導、協調外高橋保稅區分局和工商所的綜合監管工作;承辦上級領導交辦的其他工作。
（七）公平交易處（直銷監管和打擊傳銷處）
組織監督管理市場交易行為；根據國家工商總局授權，組織開展反壟斷執法工作；組織查處市場中的不正當競爭、商業賄賂、走私販私及其他經濟違法案件； 負責監督管理直銷企業和直銷員及其直銷活動；協調相關方面組織開展打擊傳銷聯合行動工作；組織查處違法直銷和傳銷案件。
（八）市場規範監督管理處
監督管理各類消費品、生產資料市場和經紀人、經紀機構以及有關中介服務機構;負責對互聯網絡經營活動和各類商品展銷會等特殊交易方式的監督管理;參與對生產要素市場和文化、旅遊等市場以及重要商品的監督管理;指導外高橋保稅區分局和工商所對各類市場的監督管理和專項治理；依法監督管理合同，負責開展合同格式條款的備案和日常監管工作，辦理企業動產抵押物登記；查處利用合同的違法活動；依法監管拍賣行為；負責示範合同文本的推廣和合同鑒證、合同爭議調解工作;承辦上級領導交辦的其他工作。
（九）消費者權益保護處
組織保護消費者合法權益，受理消費者申訴，組織查處侵犯消費者權益案件。
（十）食品流通監督管理處
組織實施流通環節食品安全監督檢查、質量監測及食品流通許可；負責流通環節食品安全重大突發事件應對處置和查處重大食品安全案件等工作。
（十壹）商標廣告監管處
負責對商標使用和商標印制單位進行監督管理;組織查處商標侵權和商標違法行為;負責著名商標的推薦、管理、保護;組織實施對廣告經營、廣告發布及其他各類廣告活動的監督管理;負責經授權的廣告經營審批及其他廣告經營的初審，依法查處各類廣告違法違章行為；指導外高橋保稅區分局和工商所對商標、廣告的監督管理;承辦上級領導交辦的其他工作。
（十二）組織宣傳處
負責機關和基層單位的黨建工作;負責思想政治工作和精神文明建設;組織理論學習和制定黨組中心組學習計劃;負責工商所的規範化建設;負責黨群工作及統戰工作;承辦上級領導交辦的其他工作。
（十三）監察室
履行紀檢、監察職能;負責黨風廉政建設和黨紀政紀的宣傳教育;負責對部門及工作人員履行職責和遵紀守法的情況進行監督檢查;受理對部門和工作人員控告、檢舉以及黨員、工作人員對處分不服的申訴;查處黨員、工作人員違反黨紀、政紀的行為。承辦上級領導交辦的其他工作。