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什麽是NCBI。有什麽用途?

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/可以查詢基因蛋白序列。還能查詢部分文獻。

分子生物學最重要的壹個網站,沒有它,很多事情就會變得很麻煩,如同源基因的比對、查詢。

下面是介紹:http://www.biosino.org/pages/ncbi-1.htm

NCBI(美國國立生物技術信息中心)簡介

》》》NCBI 資源介紹

介紹

理解自然無聲但精妙的關於生命細胞的語言是現代分子生物學的要求。通過只有四個字母來代表DNA化學亞基的字母表,出現了生命過程的語法,其最復雜形式就是人類。闡明和使用這些字母來組成新的“單詞和短語”是分子生物學領域的中心焦點。數目巨大的分子數據和這些數據的隱秘而精細的模式使得計算機化的數據庫和分析方法成為絕對的必須。挑戰在於發現新的手段去處理這些數據的容量和復雜性,並且為研究人員提供更好的便利來獲得分析和計算的工具,以便推動對我們遺傳之物和其在健康和疾病中角色的理解。

國立中心的建立

後來的參議員Claude Pepper意識到信息計算機化過程方法對指導生物醫學研究的重要性,發起了在1988年11月4日建立國立生物技術信息中心(NCBI)的立法。NCBI是在NIH的國立醫學圖書館(NLM)的壹個分支。NLM是因為它在創立和維護生物信息學數據庫方面的經驗被選擇的,而且這可以建立壹個內部的關於計算分子生物學的研究計劃。NCBI的任務是發展新的信息學技術來幫助對那些控制健康和疾病的基本分子和遺傳過程的理解。它的使命包括四項任務:

建立關於分子生物學,生物化學,和遺傳學知識的存儲和分析的自動系統

實行關於用於分析生物學重要分子和復合物的結構和功能的基於計算機的信息處理的,先進方法的研究

加速生物技術研究者和醫藥治療人員對數據庫和軟件的使用。

全世界範圍內的生物技術信息收集的合作努力。

NCBI通過下面的計劃來實現它的四項目的:

基本研究

NCBI有壹個多學科的研究小組包括計算機科學家,分子生物學家,數學家,生物化學家,實驗物理學家,和結構生物學家,集中於計算分子生物學的基本的和應用的研究。這些研究者不僅僅在基礎科學上做出重要貢獻,而且往往成為應用研究活動產生新方法的源泉。他們壹起用數學和計算的方法研究在分子水平上的基本的生物醫學問題。這些問題包括基因的組織,序列的分析,和結構的預測。目前研究計劃的壹些代表是:檢測和分析基因組織,重復序列形式,蛋白domain和結構單元,建立人類基因組的基因圖譜,HIV感染的動力學數學模型,數據庫搜索中的序列錯誤影響的分析,開發新的數據庫搜索和多重序列對齊算法,建立非冗余序列數據庫,序列相似性的統計顯著性評估的數學模型,和文本檢索的矢量模型。另外,NCBI研究者還堅持推動與NIH內部其他研究所及許多科學院和政府的研究實驗室的合作。

數據庫和軟件

在1992年10月,NCBI承擔起對GenBank DNA序列數據庫的責任。NCBI受過分子生物學高級訓練的工作人員通過來自各個實驗室遞交的序列和同國際核酸序列數據庫(EMBL和DDBJ)交換數據建立起數據庫。同美國專利和商標局的安排使得專利的序列信息也被整合。

GenBank是NIH遺傳序列數據庫,壹個所有可以公開獲得的DNA序列的註釋過的收集。GenBank同日本和歐洲分子生物學實驗室的DNA數據庫***同構成了國際核酸序列數據庫合作。這三個組織每天交換數據。

GenBank以指數形式增長,核酸堿基數目大概每14個月就翻壹個倍。最近,GenBank擁有來自47,000個物種的30億個堿基。

孟德爾人類遺傳(OMIM),三維蛋白質結構的分子模型數據庫(MMDB),唯壹人類基因序列集合(UniGene),人類基因組基因圖譜,分類學瀏覽器,同國立癌癥研究所合作的癌癥基因組剖析計劃(CGAP)。

Entrez是NCBI的為用戶提供整合的訪問序列,定位,分類,和結構數據的搜索和檢索系統。Entrez同時也提供序列和染色體圖譜的圖形視圖。Entrez是壹個用以整合NCBI數據庫中信息的搜尋和檢索工具。這些數據庫包括核酸序列,蛋白序列,大分子結構,全基因組,和通過PubMed檢索的MEDLINE。Entrez的壹個強大和獨特的特點是檢索相關的序列,結構,和參考文獻的能力。雜誌文獻通過PubMed獲得,PubMed是壹個網絡搜索界面,可以提供對在MEDLINE上的九百萬雜誌引用的訪問,包含了鏈接到參與的出版商網絡站點的全文文章。

BLAST是壹個NCBI開發的序列相似搜索程序,還可作為鑒別基因和遺傳特點的手段。BLAST能夠在小於15秒的時間內對整個DNA數據庫執行序列搜索。NCBI提供的附加的軟件工具有:開放閱讀框尋覓器(ORF Finder),電子PCR,和序列提交工具,Sequin和BankIt。所有的NCBI數據庫和軟件工具可以從WWW或FTP來獲得。NCBI還有E-mail服務器,提供用文本搜索或序列相似搜索訪問數據庫壹種可選方法。

教育和訓練

NCBI通過贊助會議,研討會,和系列演講來培養在應用於分子生物學和遺傳學的計算機領域的科學交流。壹個科學訪問學者項目已經成立,來培養同外部科學家的合作。作為NIH內部的部分研究項目,也提供博士後工作位置。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/index.html

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