在個人合夥企業的企業機制選擇上，可以選擇合夥企業制度或者有限責任公司制度。如果要使企業快速而長久地發展，並有利於建立所有權和經營權分離的科學運行機制，首先應該建立有限責任公司。
選擇合夥企業制度的，首先要簽訂合夥企業協議，約定出資人的權利義務和享有公司利益、承擔風險的方式；同時，應制定公司章程作為“最高法律條文”，約束公司的運行機制和行為；並根據合夥協議或公司章程制定規範的財務管理制度、產品(供銷)管理制度、勞動管理制度、安全生產事故責任追究制度等企業制度。然後設計科學完善的企業管理、決策、經營和運行機制，設計董事會(也可以由股東會代替)、監事會，選舉或委派經理人員。