民生路校區位於浦東新區。1909清末郵電部上海高等工業學校(南洋公學)航運管理系開創了我國高等航海教育。吳淞商船學校成立於1912，於1933更名為吳淞商船學院。1959交通部在上海成立上海海運學院。
東明路校區位於浦東新區東明路1338。上海海事大學是壹所以航運、物流、海洋為特色的多學科大學，學科門類包括工程、管理、經濟、法律、文學、科學、藝術等，2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽署協議成立上海海事大學。