改革不足:上海自貿區雖然在部分地區進行了改革試點，但這些改革只是局部的，並沒有全面鋪開。許多企業沒有享受到這些改革帶來的好處。比如可以進行雙向資金池的企業，要求很嚴格，只有少數企業可以享受。此外，壹些預期中的改革，如資本項目可兌換、個人境外直接投資和人民幣雙向流動，在自貿區實際上並沒有實現。
制度約束:由於缺乏頂層設計，自貿區的金融改革創新沒有得到壹行三會的支持，所以上海和浦東基本上是原地踏步。另外，教育、醫療等領域沒有得到教育部和衛生部的支持，無法進行深入的改革。
民眾受益不足:自貿區的改革措施沒有深入到區內民眾的生活中，很多人沒有從自貿區的發展中受益。
但是，這並不意味著上海自貿區沒有優勢。其優點如下:
上海自貿區通過負面清單等改革措施，簡化了外資準入程序和條件，提高了外資利用效率。這對中國的投資管理體制產生了重大而深遠的影響。
上海自貿區作為全國復制推廣改革示範區，展示了其他自貿區的改革路徑。
總的來說，上海自貿區的劣勢主要在於改革力度不夠，民眾受益不夠，但也有壹些優勢。